Jono Pauliaus II beatifikacijos iškilmės prasidėjo balandžio 30-osios šeštadienio vakarą Romos Circus Maximus aikštėje. Apie 200 tūkst. susirinkusių maldininkų klausėsi buvusių artimų Jono Pauliaus II bendradarbių ir jo užtarimo malonę patyrusios vienuolės liudijimų. Buvęs ilgametis Vatikano spaudos salės direktorius Joaquinas Navarro Vallsas išreiškė gilų dėkingumą dėl šio popiežiaus visu gyvenimu Dievui tarto „taip“.
„Ačiū, Jonai Pauliau II, už tą šedevrą, kurį Dievo padedamas įgyvendinai savo gyvenimu“, – sakė 21 metus tarnavęs jo atstovas žiniasklaidai J. Navarro Vallsas. Pasak jo, norint suprasti šį popiežių, reikia pirmiausia suprasti Dievo gailestingumą. Jis taip pat pabrėžė, kad Jonas Paulius II kas savaitę eidavo išpažinties, suvokdamas, jog žmogus vien savo jėgomis negali savęs nuskaistinti. Malda jam buvo poreikis, be kurio negalėjo gyventi. Privačioje koplyčioje ant Jono Pauliaus II maldos klaupto buvo daugybė popierėlių su maldų intencijomis iš viso pasaulio. Prancūzė vienuolė Marie Simon Pierre pasakojo, kaip ji 2005 m. birželio 3-osios naktį Jono Pauliaus II užtarimu staiga išgijo nuo Parkinsono ligos, kuri jai buvo diagnozuota prieš ketverius metus. Stebuklas įvyko praėjus dviem mėnesiams po Jono Pauliaus II mirties. Kardinolas Stanisławas Dziwiszas, 40 metų tarnavęs Karolio Wojtyłos, po to popiežiaus Jono Pauliaus II asmeniniu sekretoriumi, dėkojo už greitą beatifikacijos procesą. Pasak jo, Jonas Paulius II paskelbtas palaimintuoju todėl, kad žemėje gyveno kaip šventasis. Kardinolas išskyrė dvi didžiąsias Jono Pauliaus II meiles: pirmoji buvo Dievas, kurio akivaizdoje jis buvo nuolat paniręs; kita jo meilė buvo žmonės, ypač jaunimas.
„Šiandien popiežius, kurį prieš šešerius metus palaidojome, vėl grįžta pas mus“, – sakė Krokuvos arkivyskupas aidint plojimams. Jis priminė jog lenką popiežių netrukus pamilo romiečiai, o baigiantis pontifikatui net nekrikščionys jį vadino savu. Kardinolas S. Dziwiszas prisiminė, kad du kartus matė popiežių įpykusį, tačiau tam buvo rimta priežastis: 1993 m. Sicilijoje, Agrigente, jis griežtai protestavo prieš organizuotą nusikalstamumą ir 2003 m. pradžioje, kai per Viešpaties angelo maldą įspėjo nepradėti Irako karo.
Antrąją maldos budėjimo dalį pradėjo popiežiaus vikaras Romos miestui kardinolas Agostino Vallini. Jis apibūdino Joną Paulių II kaip vilties pranašą: praėjus šešeriems metams po jo mirties, šio didžio popiežiaus atminimas tebėra gyvas Bažnyčioje ir pasaulyje. Jono Pauliaus II atminimas nereiškia grįžimo į praeitį, bet iškelia jo žmogiškąjį ir dvasinį paveldą kaip paraginimą ateičiai. Šioje budėjimo dalyje apmąstyti Jono Pauliaus II įvesti rožinio Šviesos slėpiniai. Į renginį videotiltu buvo įsijungę maldininkai, susibūrę penkiose pasaulyje garsiose šventovėse Lenkijoje, Tanzanijoje, Libane, Meksikoje ir Portugalijoje. Pabaigoje popiežius Benediktas XVI, sekęs maldos budėjimą iš Kastelgandolfo rūmų, perdavė dalyviams palaiminimą. Maldos budėjimas tęstas naktį aštuoniose
didelėse Romos bažnyčiose. Sekmadienio rytą Šv. Petro aikštė buvo atidaryta tikintiesiems jau nuo ankstyvo ryto, į iškilmes susirinko daugiau kaip milijonas maldininkų. Beatifikacijos Mišių pradžioje popiežius Benediktas XVI paskelbė: Dievo tarnas popiežius Jonas Paulius II nuo šiol gali būti vadinamas palaimintuoju. Popiežius Benediktas XVI nustatė naujojo palaimintojo minėjimo dieną, tai spalio 22-oji – Jono Pauliaus II ingreso diena 1978 m. Aidint entuziastingiems šimtų tūkstančių maldininkų plojimams, buvo atidengtas naujojo palaimintojo atvaizdas ant Šv. Petro bazilikos fasado – 1995 m. jo nuotrauka. Prie altoriaus atnešta naujojo palaimintojo kraujo relikvija. Popiežius Benediktas XVI savo pamoksle sakė, kad Jonas Paulius II atvedė Bažnyčią į trečiąjį tūkstantmetį ir suteikė jai naujus orientyrus ateičiai. Beatifikacijos iškilmių metu Benediktas XVI vilkėjo savo pirmtako liturginiais drabužiais. Jis aukojo Mišias su naujojo palaimintojo Mišių taure. Mišias drauge su kardinolais koncelebravo abu Jono Pauliaus II asmeniniai sekretoriai: dabartinis Krokuvos arkivyskupas kardinolas Stanisławas Dziwiszas ir Lvovo arkivyskupas Mieczysławas
Mokrzyckis. Komuniją tikintiesiems dalijo apie tūkstantis kunigų.
Gegužės 2 d. Šv. Petro aikštėje Vatikano valstybės sekretorius kardinolas Tarcisio Bertone aukojo padėkos Mišias. Jis vadino naująjį palaimintąjį žmogaus orumo gynėju, taip pat iškėlė Jono Pauliaus II indėlį į naująją evangelizaciją, ekumeninių ir tarpreliginių santykių stiprinimą. Pasak kardinolo Bertones, popiežius Jonas Paulius II iškėlė Katalikų Bažnyčios autoritetą pasauliniu mastu. Jis ypač dėkojo už Jono Pauliaus II vaisingą dialogą su jaunimu. Mišių pradžioje Krokuvos kardinolas Stanisławas Dziwiszas Lenkijos Bažnyčios ir dalyvaujančių maldininkų vardu padėkojo už Jono Pauliaus II beatifikaciją.
Pirmadienio vakare karstas su Jono Pauliaus II palaikais galutinai perkeltas į Šv. Sebastijono koplyčią Šv. Petro bazilikoje. Pasibaigus beatifikacijos apeigoms, karstas palaidotas po dešiniojoje navoje esančios koplyčios altoriumi. Prieš tai šimtai tūkstančių tikinčiųjų pagerbė palaimintojo palaikus, jau tapusius relikvijomis. Laidojimo apeigoms vadovavo Šv. Petro bazilikos arkikunigas kardinolas Angelo Comastri.
