Prie kunigo įamžinimo ant dabartinio progimnazijos pastato prisidėjo A. Vienuolio progimnazijos moksleiviai ir mokytojai, kurie palaikė šią idėją ir organizavo renginį. Atminimo lenta kunigui buvo įrengta Vilniaus miesto savivaldybės lėšomis.

Vilniuje kun. A. Lipniūnas gyveno 1939–1943 m. Lenta įrengta ant pastato, kuriame jis nuomajosi nedidelį butą. Būtent šiame pastate prasidėjo aktyvi kun. A. Lipniūno antisovietinė ir antinacinė pogrindžio veikla.

Kun. A. Lipniūnas dėstė sociologiją ir pastoracinę teologiją Vilniaus kunigų seminarijoje ir ėjo Vilniaus universiteto kapeliono pareigas, taip pat Valstybiniame pedagoginiame universitete dėstė sociologiją ir katechetiką.

A. Lipniūno iniciatyva buvo organizuota pirmoji vargšų globa Vilniuje. Kadangi prasidėjus nacių okupacijai Lietuvoje daugumai gyventojų stigo maisto, nepasiturintys miestiečiai, neturėję giminių kaime, ypač vargo. Tai paskatino kun. A. Lipniūną 1941 m. vasarą įsteigti Laisvės fondą, kuris rinko pinigus ir maisto produktus, šelpė Vilniaus inteligentus ir studentus. Kun. A. Lipniūnas kritikavo žydų pogromus, jų turto nusavinimą, vagystes ir smurtą.

Už raginimus gyventojams netarnauti naciams 1943 m. A. Lipniūnas buvo įkalintas Štuthofo koncentracijos stovykloje. Gįžęs iš įkalinimo, gyveno Pucke, Lenkijoje, ten ir mirė.

2005 m. sausio 13 d. Lietuvos Respublikos prezidentas Valdas Adamkus kun. A. Lipniūną apdovanojo (po mirties) Vyčio Kryžiaus ordino Komandoro kryžiumi. Taip pat jis apdovanotas Žūvančiųjų gelbėjimo kryžiumi.

Vatikano Šventųjų skelbimo kongregacija 2021 m. lapkričio 10 d. išleido dekretą De validitate inquisitionis dioecesanae, kuriuo pripažino, kad kunigo A. Lipniūno beatifikacijos bylos vyskupijos etapas yra užbaigtas ir galiojantis, laukiama jo paskelbimo palaimintuoju.