Gimė Giniūnų kaime, Prienų parapijoje. Mokėsi Marijampolės gimnazijoje ir Seinų kunigų seminarijoje, kur įsijungė į lietuvių klierikų veiklą, platino lietuviškas knygas ir laikraščius. 1897 m. įgijo teologijos magistro laipsnį Petrapilio dvasinėje akademijoje ir įšventintas kunigu. Iki vysk. Antano Baranausko mirties 1902 m. ėjo jo kapeliono pareigas. Vėliau profesoriavo Seinų kunigų seminarijoje. Čia dėstė gamtos mokslus, homiletiką, lietuvių kalbą ir literatūrą. Uoliai reiškėsi visuomeninėje veikloje. Bendradarbiavo 1906 m. Seinuose įsteigiant „Šaltinį“ ir buvo pirmuoju jo redaktoriumi. 1908 m. įkūrė kunigams skirtą „Vadovą“, kad šie turėtų daugiau medžiagos lietuviškiems pamokslams. Buvo vienas iš šv. Kazimiero draugijos knygoms leisti steigėjų.
1910 m. iškeltas klebonu į Leipalingį. 1912 m. buvo išrinktas IV valstybinės dūmos atstovu iš Suvalkų gubernijos, rinkimuose nukonkuravęs dr. Joną Basanavičių. Karo metu Petrapily rūpinosi karo pabėgėlių šalpa. Vėliau dalyvavo politiniame gyvenime: buvo III Lietuvių tautos tarybos bei Lietuvos laikinojo valdymo komiteto nariu.
Iki 1930 m. ėjo Seinų, o po to – Vilkaviškio vyskupijos kurijos kanclerio ir oficiolo pareigas. Nuo 1930 m. klebonavo Seirijuose. 1936 m. tapo Seimo nariu: stengėsi tuometinį režimą sutaikyti su katalikais.
Prel. Juozas Laukaitis daug nusipelnė lietuvių liturginei terminijai. Vertė giesmes, litanijas, maldas. Prisidėjo prie lietuvių bendrinės kalbos kūrimo. Rašė „Šaltinyje“, „Vadove“, „Tiesos Kely“, „Gimtojoje Kalboje“, „Draugijoje“, „Vilniaus Žiniose“.
Būdamas altaristu Seirijuose, 1947 m. apkaltintas, kad lankė ligonį nepranešęs valdžiai, ir areštuotas. Nubaustas 15 metų laisvės atėmimo. Mirė 1952 m. Vladimiro kalėjime, Rusijoje.