Nebelikus valstybės, kuri reguliuotų ir vairuotų savo piliečių gyvenimą, įsigalėjo sumaištis ir kasdieniniame žmonių gyvenime. Dalį įvairių tautybių Lietuvos žmonių abu okupantai panaudojo prieš valstybę ir tautą, netgi įvėlė į žudynes. Arkivyskupas Mečislovas Reinys atsiduria Vilniuje ir darbuojasi ypatingai sudėtingomis aplinkybėmis. Jo padėtį be visų jau išvardintų sąlygų dar sunkino tautiniai prieštaravimai Vilniaus arkivyskupijoje, kurie tolydžio vis stiprėjo.

Mėginsime pažvelgti į M. Reinio veiklą Vilniuje 1940–1944 m. per lietuvių–lenkų–sovietų–nacių konfliktą ir arkivyskupo bandymus megzti dialogą su lenkais ir naciais Bažnyčios ir Lietuvos labui. Tokio tyrimo aktualumą pabrėžia tam tikroje lenkų visuomenės dalyje vis dar neišnykęs, o gal net pakurstomas mitas, kad M. Reinys „okupantų lietuvių“ statytinis, lietuvių nacionalistų interesų reiškėjas ir netgi nacių kolaborantas, ne tik prisidėjęs, bet netgi organizavęs nacių okupacijos metais akcijas prieš lenkų dvasininkus Rytų Lietuvoje. Šių eilučių autoriui beveik prieš 50 metų yra tekę Vilniuje susidurti su tokio mito funkcionavimu buitinėje aplinkoje. Su jo apraiškomis tenka susidurti ir dabar istorikų konferencijose, privačiuose pokalbiuose su kai kuriais iš Rytų Lietuvos kilusiais ir Lenkijoje gyvenančiais žmonėmis ir netgi istorikais.

Šviežiausias lenkų istoriografijos faktas: „Antilenkiškos akcijos sustiprėjo 1942 m. pradžioje. […] Vasario ir kovo sandūroje areštuotas metropolitas Romualdas Jalbžykovskis, kuris su kurijos kancleriu kun. Adamu Savickiu išvežtas į Marijampolę. 1942 m. kovo 3 d., ankstų rytą gestapininkai ir saugumas pasirodė Vilniaus dvasinėje seminarijoje Tilto gatvėje. Po nuodugnios kratos areštuota 14 dėstytojų ir apie 70 seminarijos auklėtinių, kurie uždaryti Lukiškėse. Lietuvių tautybės dėstytojai ir seminarijos auklėtiniai buvo paleisti. Visą tą operaciją suplanavo kun. Vladas Tulaba ir Saugumo vadovas Aleksandras Lileikis, kurie tokiu būdu lituanizavo dvasininkijos eiles.

Autorius nenurodo kas areštavo metropolitą su kurijos kancleriu, bet remiasi Londono muziejuje esančiu rinkiniu „Lietuvių smurtas“ (Gwałty litewskie), t. y. gestapo akciją prirašo lietuviams.

Dėl kun. L. Tulabos ir A. Lileikio „bendros operacijos“ remtasi pagarsėjusio „juodojo metraštininko“ Boleslovo Baranausko neretai abejotino patikimumo dokumentų rinkiniu. Tam lenkų istorikui tiko bet kokio patikimumo įrodymai, nes jis turi savo nuomonę apie lietuvių tautinius tikslus (sic!) nacių okupacijos metais: „Lietuviai vokiečių okupaciją panaudojo savo tautiniams tikslams pasiekti, išnaikinti Vilnijoje žydiškąjį ir lenkiškąjį pradą“. Tokios išvados tikriausiai prieita 1942 11 10 apibendrinant lenkų mišrios ministerijų komisijos lietuvių klausimą: „Lietuvių nacionalizmas pradėjo spręsti tautines problemas atimant turtą iš nelietuvių tautybės gyventojų, o taip pat naikinant juos fiziškai per organizuojamas masines žudynes“. Pateiktoje ištraukoje M. Reinys tiesiogiai apdairiai neminimas, bet jo vaidmuo nujaučiamas žinant, kokie ryšiai siejo arkivyskupą su kun. L. Tulaba, kurį vėliau M. Reinys paskyrė atkurtos Vilniaus kunigų seminarijos rektoriumi.

Įsidėmėtina, kad XIX a. antroje pusėje – XX a. pirmoje pusėje nacionalizmas buvo vyraujanti visuomeninės politinės minties srovė Europoje. Tuo metu buvo suvešėjęs tiek lietuviškasis, tiek ir lenkiškasis nacionalizmas. Lietuviai ir lenkai neretai pernelyg emocingai vieni kitus kaltino nacionalizmu. Europiniame kontekste šia prasme neišsiskyrė nei lietuviai, nei lenkai. Tik jų tautinius ir kultūrinius prieštaravimus itin išryškino politinė prieštara – konfliktas dėl Vilniaus ir Rytų Lietuvos. Prieštaravimus itin paaštrino tai, jog Rytų Lietuvoje buvo likviduotos Lenkijos administracinės institucijos ir kuriama Lietuvos valstybės administracija.

Dalį Rytų Lietuvos ir Vilnių Lietuvos valstybė realiai gavo tik paskutinėmis spalio dienomis. Gavo apiplėštą ir nualintą miestą su sovietinių represijų įbaugintais gyventojais, kurie stovėjo prie bado slenksčio. Vilniuje be vietinių gyventojų buvo daug karo pabėgėlių iš centrinių Lenkijos vaivadijų. Tarp tų pabėgėlių būta nemaža persirengusių civiliais drabužiais Lenkijos kariuomenės karininkų.

Lietuvos kariuomenei, perimant iš sovietų Vilnių, vyravo prieštaringos nuotaikos. Dauguma džiaugėsi, kad Vilnių su nedidele Rytų Lietuvos teritorija perima Lietuva, kad baigėsi NKVD siautėjimas, areštai, trėmimas, psichologinis teroras, pagaliau valstybinio bei visuomenės turto archyvų, bibliotekų plėšimas bei jo vežimas į Baltarusiją. Be to, dar sklandė gandai, kad Vilnius būsiąs prijungtas prie Baltarusijos. Absoliučios daugumos vilniečių nedžiugino tokia perspektyva, nes neblogai žinota apie ten nesibaigiančias sovietų politines represijas, Bažnyčios persekiojimą, bent kiek didesnio turto nusavinimą. Pagrįstai tikėta, jog viso to bus išvengta Vilnių valdant Lietuvai. Kita vertus, nuoširdžiai Lietuvos kariuomenę sutiko tik lietuviai, daugiausiai gyvenę provincijoje, o Vilniuje sudarę mažumą.

Rytų Lietuvos tautinių mažumų pozicija buvo nevienoda: vieni linko prie Lietuvos globos, kiti elgėsi rezervuotai. Absoliuti dauguma lenkų buvo patenkinti nusikratę sovietų, bet buvo priešingi tam, jog Vilnius būtų grąžintas Lietuvai. Neigiamas požiūris į Lietuvą buvo ypač ryškus tarp lenkiškos Vilniaus inteligentijos ir buvusių Lenkijos institucijų tarnautojų, taip pat tarp Vilniuje susitelkusių gausių karo pabėgėlių.

Atgavus Vilnių, Lietuvos vyriausybei nedelsiant reikėjo spręsti dvi problemas: pamaitinti badaujančius gyventojus ir užtikrinti rimtį, gyvenimo stabilumą. Pirmoji problema buvo lengvai išspręsta, nes Lietuva turėjo pakankamai maisto atsargų, kurių perteklius nedelsiant buvo atvežtas į Vilnių, nesukėlus aprūpinimo problemų ar kainų kilimo kitose Lietuvos vietovėse. Visuomenės gyvenimo stabilumas bei rimtis pasirodė besą labai trapūs. Vilniuje buvo antižydiškų riaušių, komunistų keliamų neramumų, karingo lenkų nacionalizmo pliūpsnių, kuriuos teko malšinti policijai.

Dauguma Vilniaus gyventojų lenkų bei dalis tautinių mažumų žmonių teisėtai save laikė Lenkijos piliečiais. Tokia jų pilietinė pozicija yra suvokiama. Kita vertus, Lietuvos kariuomenės atėjimą ir Lietuvos valstybės institucijų kūrimą laikė lietuviškąja Rytų Lietuvos okupacija, pakeitusia 6 savaites trukusią sovietinę okupaciją. Lietuvos buvimas Vilniuje buvo laikomas laikinu reiškiniu. Lenkiškoje visuomenės dalyje vyravo įsitikinimas, kad po karo būsianti atkurta Lenkijos valstybė su 1939 09 01 sienomis, t. y. ir su Rytų Lietuva. Čia Lietuvos administracija susidurdavusi su tyčia aštrinama ir gilinama konfrontacija, t. y. iš karto Lietuvos institucijoms ir pareigūnams buvo primetama kova ar bent jau pilietinis nepaklusnumas. Suvokiant mums tuometinę pilietinę lenkų poziciją, reikia, kad jie suvoktų lietuvių patriotinę poziciją, Vilnių laikant savo teisėta istorine Lietuvos sostine, kuri nuo seniausių laikų ir iki 1919 m. pavasario niekuomet ir jokia forma nepriklausė Lenkijos valstybei, nebuvo Lenkijos valdoma.

1939 m. rudenį aštrėjantys politiniai, administraciniai, kultūriniai prieštaravimai tarp Lietuvos ir Vilniaus lenkiškosios visuomenės dalies persimetė ir į Katalikų Bažnyčios sferą. Keliantis į Vilnių, lietuvių valdininkams ir policininkams su šeimomis, karininkų šeimoms, studentams iškilo pastoracinio darbo lietuvių kalba plėtros problema, nes Vilniuje tebuvo viena Šv. Mikalojaus lietuviška parapija, o provincijoje labai retai kur būdavę lietuviškos pamaldos. Lietuvos vyriausybei rūpėjo ne tik šio krašto administraciniai, švietimo lietuvių kalba plėtros, bet ir konfesinio gyvenimo, lietuvių kalbos bažnyčiose klausimai. Tai nebuvo krašto lituanizacija, kaip kartais bando teigti kai kurie lenkų istorikai ar visuomenės veikėjai. Atrodytų, kad Katalikų Bažnyčios sferoje neturėjo būti tautinės priešpriešos, turėjusi vyrauti krikščioniška dvasia, visų tikinčiųjų susiklausymas, nežiūrint jų tautybės, bet Rytų Lietuvos katalikų gyvenimas rodė ką kitą. Santarvė daug kuo turėjusi priklausyti nuo ganytojų, t. y. šiuo atveju nuo Vilniaus metropolito arkivyskupo Romualdo Jalbžykovskio pozicijos. Bet arkivyskupas buvęs itin priešiškas prasidėjusioms politinėms ir administracinėms permainoms Rytų Lietuvoje, savo elgesiu atvirai demonstruodamas, kad Lietuvos kariuomenės ir administracijos buvimą priima kaip lietuvių okupaciją, Lietuvos kariuomenei neteisėtai peržengus administracinę liniją. Jis buvo nepalankus lietuvių katalikų siekiams Vilniaus Bažnyčiose turėti lietuviškas pamaldas, nes per visą savo buvimo Vilniaus arkivyskupo soste laikotarpį darė viską, kad būtų suvaržytos arkivyskupijos lietuvių bei gudų katalikų teisės, mažino parapijų skaičių, kurių bažnyčiose būtų pamaldos lietuvių ar gudų kalbomis, t. y. nevienodai rūpinosi arkivyskupijos tikinčiaisiais, netoleruodamas kitų tautinių grupių, o tuo pačiu atvirai per Bažnyčią diegęs polonizaciją.

Lietuvai atgavus Vilnių, Lietuvos valstybės teritorijoje atsidūrusi Vilniaus arkivyskupijos dalis kanoniškai tebebuvo Lenkijos Bažnytinės provincijos sudėtyje. Lietuvos Bažnytinės provincijos vyskupų konferencija Vilniuje negalėjo ir nesiėmė kokių nors veiksmų. Lietuvos vyskupai tegalėjo tik išskirti vieną kitą savo kunigą pastoraciniam darbui į Vilniaus arkivyskupiją, bet jų paskyrimas priklausė nuo R. Jalbžykovskio.

Tokia visuomeninė politinė situacija 1939 m. rudenį susiklostė Vilniuje ir Lietuvai tekusioje Vilniaus arkivyskupijos dalyje. Į šitą aštrių konfliktų zoną, kur buvo dirbtinai suplakti politiniai, pilietiniai, tautiniai bei konfesiniai dalykai ir pateko M. Reinys.

1940 m. vasarį mirė Vilniaus arkivyskupo padėjėjas vyskupas K. Michelkevičius. Šventasis Sostas ilgokai neskyrė arkivyskupui naujo pagalbininko. Aišku, kad buvo laukiama ženklo iš Lietuvos valstybės. Birželio 3 d. Lietuvos užsienio reikalų ministras Juozas Urbšys kreipėsi į Vatikano valstybės sekretorių, prašydamas Vilniaus arkivyskupo padėjėju paskirti vyskupą lietuvį. Suvokiant realią politinę situaciją, susiklosčiusią Vidurio Rytų Europoje, šitas prašymas buvo palankiai sutiktas Vatikane. Liepos 9 d. popiežius Pijus XI Vilkaviškio vyskupo padėjėją titulinį Tididės vyskupą Mečislovą Reinį pakėlė tituliniu Cypselos arkivyskupu ir paskyrė Vilniaus arkivyskupo pagalbininku su paveldėjimo teise. Apaštalų sosto pasirinkimas nebuvo atsitiktinis. M. Reiniui buvo neblogai pažįstamas daugiakultūrinis ir daugiatautis Vilnius su visomis savo problemomis. Jis mokėjo lenkiškai bei rusiškai, tad galėjo laisvai bendrauti, sakyti pamokslus bet kuria kalba.

Su Vilniumi ir Rytų Lietuva buvo susijęs nuo paauglystės: čia mokėsi liaudies mokykloje, 1901–1905 m. studijavo Vilniaus kunigų seminarijoje, 1914–1922 m. darbavosi Vilniuje įvairiuose pastoracinio darbo bei švietimo baruose, netgi rūpinosi Vilniaus universiteto atkūrimu, profesoriavo Vilniaus kunigų seminarijoje. Apaštalų Sosto pasirinkimą lėmė ne tik tai, kad M. Reinys gerai žinojo Vilniaus specifiką, bet ir tai, jog plačiai buvo žinoma jo erudicija, taktiškumas ir tolerancija. Pasirinkimui neabejotinai įtakos turėjo ir tai, jog M. Reinys buvo sukaupęs diplomatinio darbo patirtį. Toji patirtis Vatikanui buvo gerai žinoma, nes M. Reiniui, esant užsienio reikalų ministru, buvo rengiamas ir pasirašytas Lietuvos konkordatas su Apaštalų Sostu. Vėliau įvykiai parodė, kad jo taktiškumas ir tolerancija Vilniaus arkivyskupijos kurijos aplinkoje buvo suvokti kaip silpnavališkumas, nuolaidumas ir neryžtingumas. Diplomatinė patirtis pravertė nacių okupacijos metais.

M. Reinys, suvokdamas būsiant sudėtingą ir sunkią savo padėtį Vilniuje, manė atsisakyti paskyrimo, bet savo seno bičiulio kun. Juozo Čepėno buvęs įtikintas, jog bonus Ecclesiae et publicum (Bažnyčios ir visuomenės gerovė) reikalauja, kad jis imtųsi jam skiriamos misijos. M. Reinys priėmė paskyrimą, būdamas nusiteikęs ir atviras plačiam dialogui su Vilniaus arkivyskupu, vyskupijos kurija, įvairiataučiais kunigais bei tikinčiaisiais, kad Bažnyčia naujomis sąlygomis, pasikeitus politinėms aplinkybėmis, galėtų plėtoti savo veiklą, vienodai rūpindamasi visų tautybių katalikų sielovada.

Vilniaus arkivyskupo pagalbininku M. Reinys tapo sovietinės okupacijos pradžioje, pačiame karštligiško pasirengimo Lietuvos aneksijai įkarštyje, kuomet kaip niekad anksčiau reikėjo visų Lietuvos katalikų dvasininkų ir apskritai visų katalikų, nežiūrint jų tautybės, sutelktų pastangų atremti sovietinio režimo totalinį puolimą prieš bažnyčią arba bent jau sumažinti to puolimo padarinius. Vilniuje vienybės nebuvo sulaukta dėl siaurų politinių interesų kurijoje, todėl metropolito ir kurijos pareigūnų buvo sutiktas nepalankiai, netgi priešiškai, vien dėl to, kad jis buvo lietuvis. Kurijoje demonstratyviai negavo jokio darbo ar bent laikino pavedimo, jam netgi nebuvo pasiūlyta apsigyventi arkivyskupo rūmuose. Kurijoje visus reikalus tvarkė pats R. Jalbžykovskis su kurijos aparatu, kuriame nebuvo nė vieno lietuvio. Apskritai čia į lietuvius kunigus buvo žiūrima ne tik nepalankiai, bet su aiškiu nepasitikėjimu, netgi priešiškai. Metropolitui ir arkivyskupijos kurijai vis daugiau įsijungiant į politikos dalykus, Rytų Lietuvoje vietoje konsolidacijos, tuo metu taip reikalingos bažnyčiai ir tikintiesiems, buvo skaidomos katalikų dvasininkų jėgos, siekiama aštrinti lenkų ir lietuvių kunigų priešpriešą. Manytina, kad kurijoje atstumiant M. Reinį, buvo tiesiogiai parodyta nepagarba ir netgi priešiškumas Apaštalų Sosto sprendimui.

Laukto dialogo M. Reinys Vilniuje nesulaukė, o susidūrė su aštriu konfliktu, kurį apraminti galėjo tik kurijos geranoriškos pastangos ir laikas, bet politinių įvykių raida tam nedavė laiko, o pastangų nebuvo parodyta. M. Reinys, važiuodamas į Vilnių, tikėjosi tam tikro konflikto su lenkų dvasininkais, bet manė jį greitai ir lengvai išsispręsiant. Visiškai netikėtai Vilniuje M. Reinys pateko į dar vieno konflikto sūkurį, kurį su bažnyčia provokavo sovietų pradėtas diegti režimas. NKVD greitai suvokė, kokį pavojų gali kelti, įvairias gyvenimo sritis sparčiai sovietizuojant, toks intelektualus ir tolerantiškas arkivyskupas, Lietuvoje turėjęs didelį autoritetą. Užtat jau 1940 m. rugsėjį–spalį M. Reinys apsupamas paskubomis užverbuotais agentais. Čekistus ypač domino lietuvių ir lenkų dvasininkų tarpusavio santykiai, kad galėtų efektyviau skaidyti bažnyčios pastangas priešintis sovietizavimui bei brutaliai visuomenės ateizacijai. Juos domino M. Reinio pamokslų turinys, jo asmeninis požiūris į sovietų valdžią ir jos politiką. Čekistai greitai išsiaiškino, kad M. Reinys bolševizmą laikąs žmonijos blogiu, liaudies nelaime ir manąs, jog kovai su juo turį būti suvienyti visi, kas nepatenkintas sovietais, kas priešiškas bolševizmui. Čekistams taip pat išaiškėjo, kad dėl lenkų nacionalistų politikos neįmanomi bendri lietuvių ir lenkų dvasininkijos veiksmai. Taip pačiam arkivyskupui tiesiog nenujaučiant, gilėjo konfliktas su sovietų valdžia. M. Reinys aštrino šį konfliktą, pamoksluose atvirai dėstęs savo antibolševikines nuostatas.

Sovietinę okupaciją 1941 m. birželį pakeitė nacių okupacija. Naciai nerodė didesnio palankumo bažnyčiai, bet kol kas Lietuvoje nepersekiojo dvasininkų, kaip tai darė Reiche ar kituose okupuotuose kraštuose, ypač Lenkijoje, tačiau atidžiai stebėjo Bažnyčios veiklą Lietuvoje. 1941 m. pabaigoje vokiečių saugumo tarnyba politinėje suvestinėje aukščiausiems Reicho pareigūnams rašė: „Visose okupuotose Rytų srityse jaučiamas stiprus vadovaujantis bažnytinių jėgų pagyvėjimas. Katalikų dvasininkija daugiausia darbuojasi kažkada buvusiose lenkiškose srityse ir Lietuvoje. […] Ji stiprina ir plečia savo veiklą, palyginus su baltarusių stačiatikiais“⁴.

Taip gilumoje objektyviai brendo naujas konfliktas, šį kartą su naciais. Skirtumas nuo konflikto su sovietais buvo tik tas, kad naciai kol kas buvo palikę tam tikrą erdvę dialogui su Bažnyčia, o Sovietai iš karto pradėjo brutalų spaudimą, siekdami pašalinti Bažnyčią ir jos tarnus iš visuomenės gyvenimo, nerodydami jokio noro bendrauti, bet reikalaudami paklusnumo. M. Reinys nacių laikais ir pasinaudojo šia nedidele dialogo galimybe, siekdamas, kiek tai įmanoma tokiu metu apsaugoti Bažnyčią, dvasininkus ir tikinčiuosius nuo nacių represijų.

Katalikų dvasininkai lietuviai dalyvavo lietuvių tautiniame (nepriklausomybės), antinaciniame pasipriešinime dvasininkų luomui priimtinomis formomis. Tai buvo ypač ryšku Vilniuje. Į antinacines tautinio pasipriešinimo bei šalpos organizacijas, jų vadovybę buvo įsijungę M. Reiniui artimi kunigai Vilniuje Alfonsas Lipniūnas, Ladas Tulaba ir kiti. M. Reinys to nežinoti negalėjo, nors pats į tokią veiklą tiesiogiai neįsitraukė. Kur kas plačiau ir atviriau antinaciniame lenkų tautiniame pasipriešinime dalyvavo lenkų kunigai. Nemaža jų buvo susiję su ginkluotu lenkų pasipriešinimu. Tai buvo būdinga ne tik Vilniui ir Rytų Lietuvai, bet ir visoms buvusioms Lenkijos teritorijoms. Užtat okupuotuose kraštuose naciai intensyviausiai persekiojo lenkų kunigus ir vienuolijų narius, daugelis jų buvo sukišti į lagerius ir kalėjimus. Tokiomis aplinkybėmis, kai lenkų tautinio antinacinio pasipriešinimo pogrindis ir Lenkijos piliečiai Rytų Lietuvoje vienodai laikė okupantais tiek nacius, tiek lietuvius, neretai lietuvius vertinant kur kas kategoriškiau nei nacius, laikant visus lietuvius nacių kolaborantais, M. Reinio konfliktas su kurija ir Rytų Lietuvos lenkais tik gilėjo. Buvo požymių, kad M. Reinys lenkų pogrindžio sekamas per tarnus bei vienuoles netgi savo bute.

Naciai daugelyje Lenkijos vyskupysčių uždarė visus vienuolynus, vienuolius išvarė priverstiniams darbams, ar šiaip iškeldino. Į kalėjimus ar lagerius pateko beveik visi lenkų jėzuitai. Buvo įkurtas specialus konclageris vienuolėms. Kalėjimuose bei lageriuose atsidūrė daugybė lenkų kunigų. Lenkų kunigus bei vienuolius Rytų Lietuvoje naciai pradėjo persekioti bene vėliausiai, lyginant su kitomis okupuotomis teritorijomis.

1942 m. kovą naciai ėmėsi masinių represijų prieš lenkų dvasininkiją ir vienuolijas Vilniuje. Kovo 3 d. gestapas po kratos Vilniaus kunigų seminarijoje suėmė ir įkalino Lukiškėse 14 profesorių ir apie 70 klierikų. Vėliau keli lietuvių kilmės klierikai buvo paleisti, o klierikai lenkai (kartu su jais tikriausiai ir gudai) išvežti priverstiniams darbams į Vokietiją. Nustojo egzistavusi Vilniaus kunigų seminarija. Beje, R. Jalbžykovskis ne tik iki 1939 m., bet ir 1940 m. bei 1941 m. vengė priimti lietuvius į šią kunigų seminariją, pirmenybę teikdamas asmenims, kilusiems iš centrinių Lenkijos vaivadijų, apskritai stengtasi priimti kuo mažiau vietinės kilmės jaunuolių, netgi ne lietuvių. 1939 m. rudenį Vilniuje apsigyveno iš centrinės Lenkijos kilusių daug jaunų žmonių kaip karo pabėgėliai, jų tarpe buvo karininkų. Neatmestina mintis, jog kažkiek tų jaunų vyrų 1939–1941 m. buvo priimta į seminariją, siekiant apsaugoti juos nuo areštų. Tokie žmonės neabejotinai buvo susiję su lenkų pogrindžiu. Šitai gal buvo viena iš priežasčių gestapo represijoms prieš seminariją. Kovo 22 d. naciai suėmė metropolitą R. Jalbžykovskį bei kurijos kanclerį kanauninką Adamą Savickį, išvežė juos į Marijampolę ir internavo Marijonų vienuolyne. Po kelių dienų vėlgi gestapas Vilniuje suėmė 60 vienuolių vyrų ir 222 vienuoles. Po dviejų mėnesių vienuolės, išskyrus seseris dominikones, iš kalėjimo buvo paleistos tik M. Reinio dėka. Po ilgų derybų su naciais jam pavyko apginti vienuoles nuo priverčiamųjų darbų Reiche. Bet vienuolynai jau buvo išardyti, iš kalėjimo paleistoms vienuolėms buvo uždrausta dėvėti abitus, jos privalėjo įsidarbinti ir registruotis, kitaip joms grėsė išvežimas priverstiniams darbams į Vokietiją. Areštuotieji kunigai ir nemažai vienuolių vyrų 1942 m. rudenį buvo išvežti į Šaltupių ir Panevėžiuko darbo stovyklas. M. Reiniui pavyko juos išgelbėti nuo išvežimo į koncentracijos stovyklas Reiche, kur sąlygos buvę kur kas sunkesnės negu minėtose stovyklose Lietuvoje. Po R. Jalbžykovskio arešto ir tremties M. Reinys tapo faktiškuoju arkivyskupijos valdytoju, nes Vatikano buvo paskirtas metropolito pagalbininku su paveldėjimo teise. Jam domintis lenkų dvasininkų areštų aplinkybėmis, nacių civilinės okupacinės administracijos pareigūnai aiškino, jog areštai įvykdyti politiniais motyvais ir nesusiję su religija. 1942 m. birželio 22 d. Šventasis Sostas arkivyskupą M. Reinį oficialiai paskyrė apaštaliniu Vilniaus vyskupijos administratoriumi.

M. Reiniui tapus arkivyskupijos apaštaliniu administratoriumi, t. y. visateisiu jos šeimininku, kaip tik ir buvo tiesiogiai susidurta su nacių okupacine administracija. Iki tol jam, kurijoje neprileidžiamam prie arkivyskupijos reikalų tvarkymo, su nacių okupacine administracija susidurti beveik neteko. Kaip tik tuomet M. Reiniui ir prireikė diplomato patirties, kurijai laviruojant tarp nacių spaudimo ir tikinčiųjų reikalų gynimo, vis dar neatslūgstant konfliktui su lenkų kilmės kunigais bei jų paakinamais tikinčiaisiais. Kita vertus, M. Reinys gavo ne tik galimybę, bet ir įgaliojimus rūpintis visų tautybių katalikų reikalais tolokai į gudiškas sritis nusidriekusioje Vilniaus arkivyskupijos teritorijoje, išskyrus pietinę jos dalį, įjungtą į Naująją Rytų Prūsiją. Suprantama, kad buvo išnaudota galimybė gerinti visų katalikų padėtį ne tik Vilniuje, bet ir tolokai į Rytus, geriau rūpintis jų sielovados reikalais, neskriaudžiant nei lenkų, nei gudų katalikų. Jis čia buvo tolerantiškas kiekvienai tautinei tikinčiųjų bendruomenei. Stengėsi pagal galimybę į lenkiškas parapijas skirti kunigus lenkus, į gudiškas – gudus, į lietuviškas – lietuvius, bet labai trūko kunigų lietuvių, o iš kitų vyskupijų kviečiami kunigai nenorėjo keltis į Rytų Lietuvą. Kai kuriose mišriose parapijose, kur buvo galimybė, įvedė pamaldas lietuvių ar gudų kalbomis, atsižvelgdamas į tautinę tikinčiųjų struktūrą. Daugelį žmonių patenkino tokia kurijos politika. Kita vertus, tai silpnino lenkų kunigų įtaką Rytų Lietuvoje ir gudiškose srityse. Užtat lenkų tautinis pogrindis negalėjo būti patenkintas M. Reinio veikla.

J. Jalbžykovskio ir kitų areštai paaštrino M. Reinio konfliktinę situaciją, nes nemaža lenkų kunigų ir vienuolių areštus manė esant lietuvių ir pačio M. Reinio intrigų pasekmėmis, kadangi tokį požiūrį į visus lietuvius, kaip nacių kolaborantus, atkakliai ir kryptingai formavo lenkų tautinis (nepriklausomybės) pasipriešinimo naciams pogrindis. O tuo metu M. Reinys, panaudodamas savo diplomatinę patirtį, kurijai laviruojant tarp nacių okupacinės administracijos, lenkų kunigų bei tikinčiųjų, bandė jam įmanomais būdais švelninti nacių antilenkiškas akcijas. Jau minėtas to M.Reinio dialogo su nacių administracija rezultatas: pavyko išlaisvinti daugumą gestapo areštuotų moterų vienuolių ir išvengti jų išvežimo priverstiniams darbams į Reichą, suimti lenkų kunigai bei vienuoliai vyrai, buvo patalpinti į darbo stovyklas, bet iš Lietuvos jie nebuvo išvežti. Pietų Lietuvoje naciai daugiau nebesiėmė masinių represijų prieš lenkų kunigus. Visa tai – M. Reinio dialogo su okupacine administracija nuopelnas.

Itin svarbus M. Reinio laviravimo ir dialogo su nacių administracija rezultatas – Vilniaus kunigų seminarijos atkūrimas nuo 1942 m. rudens. Seminarija 1942 09 28 atnaujino veiklą būtent M. Reinio pastangomis. Naciai nei oficialiai leido, nei uždraudė atkurti seminariją. Buvo tik uždrausta priimti lenkų kilmės klierikus. M. Reinys ir čia surado išeitį, lenkus, pretendentus į seminariją, paskirstė klebonams, kad jų globojami klierikai-neakivaizdininkai pasiruoštų egzaminams ir juos privačiai, t. y. nelegaliai, laikytų pas seminarijos profesorius lietuvius. Taip šalia nacių toleruojamos, viešai veikusios lietuviškos Vilniaus kunigų seminarijos, M. Reinio dėka veikė lyg ir pogrindinė lenkų kunigų seminarija. Naciams uždarinėjant Lietuvoje aukštąsias mokyklas, 1943 03 18 vėl buvo uždaryta Vilniaus kunigų seminarija, bet didžiulių M. Reinio pastangų dėka pavyko gauti leidimą tęsti seminarijos darbą. Nuo 1943 10 18 vėl pradėjo veikti seminarija. Tęsėsi nelegalios lenkų klierikų-neakivaizdininkų, apgyvendintų pas klebonus, studijos. Beje, seminarijos rektoriumi visą tą laiką buvo kun. L. Tulaba.

Dar iki arešto R. Jalbžykovskis, aštrindamas konfliktą ir norėdamas išstumti M. Reinį, skundė jį Vatikanui. Skundus rašė ir kitų inspiruoti lenkai tikintieji. Buvo bandoma subrandinti konfliktą tarp M. Reinio ir Apaštalų Sosto. M. Reinys buvo skundžiamas neva dėl savivaliavimų ir katalikams lenkams daromų skriaudų. Ypač buvo pasinaudota tuo, kad M. Reinys, turėdamas apaštalinio administratoriaus įgaliojimus, ryžosi padaryti nedidelius, bet labai svarbius vietos žmonėms pakeitimus liturgijoje. Švenč. Mergelės Marijos litanijoje panaikino invokaciją „Lenkijos Karaliene, melski už mus“, kai litanija kalbama viešai. M. Reinys nurodė šią invokaciją praleisti bažnyčiose ar kur kitur viešai kalbant litaniją, dėl to, kad lietuviai ir gudai katalikai nenorėjo taip melstis. Kita vertus, naciai buvo uždraudę bažnyčiose gegužės 3 d. minėti Mergelės Marijos Lenkijos Karalienės šventę, užtat M. Reinys leido 1944 m. bažnytinį kalendorių išspausdinti be šios šventės.

Informacija apie M. Reinio, kaip arkivyskupijos valdytojo veiklą, pasiekė Londoną, kur rezidavo Lenkijos vyriausybė emigracijoje ir buvo lenkų vyskupų. Žinios apie tai pasiekdavo ir vyskupus Lenkijoje. Lenkų vyskupai darė spaudimą Vatikanui neva dėl M. Reinio savivaliavimų. Vatikano valstybės sekretorius dėl to įspėjo M. Reinį, o Lenkijos vyskupams aiškino, jog M. Reinio paskyrimas esąs laikinas reiškinys, kurį sąlygojo susiklosčiusi politinė padėtis ir M. Reinys turįs laikytis jam duotų instrukcijų. Pasiaiškinime Vatikanui M. Reinys rašo: „Grąžinti invokaciją, tiek Lenkijos Karalienės šventę šiuo karo metu, mano giliu įsitikinimu, moraliai yra negalima, neįstatant į didelius pavojus Bažnyčios reikalus, dvasiškąją ir tikinčiuosius“⁶. Pasiaiškinęs M. Reinys paprašė jį atleisti iš Vilniaus arkivyskupijos apaštalinio administratoriaus pareigų. Iš šalies subrandintas Apaštalų Sosto ir M. Reinio konfliktas išsisprendė taikiai: nebuvo pakeistas M. Reinio sprendimas dėl minėtos invokacijos, o M. Reinys nebuvo atleistas iš apaštalinio administratoriaus pareigų. Tik buvo nurodyta, kad ateityje M. Reinys „teatsižvelgia į lenkų kentėjimus, kurie sudaro Vilniaus arkivyskupijos daugumą, kiek galėdamas tepatenkina jų pageidavimus, teatsižvelgia labiau į arkivyskupą Jalbžykovskį“⁷. Apskritai M. Reinys stengėsi apsaugoti Bažnyčią, kad ji Lietuvoje nebūtų įvelta į politikavimą. Pirmajam generaliniam tarėjui P. Kubiliūnui 1943 04 24 laiške tiesiai pareiškė: „[…] įsakyti kunigams kalbėti iš sakyklos apie pasaulinius dalykus negalima, nes tai visai pamatuotai iš principo draudžia Apaštalų Sosto priimtas dekretas“⁷. Vatikane buvo suvokta, kad Bažnyčios labui M. Reinys turįs likti kol į Vilnių sugrįšiąs metropolitas R. Jalbžykovskis arba kaip kitaip po karo paaiškėsianti politinė padėtis.

Nacių okupacijos metais brendo gilus konfliktas su sovietais, turėjęs nemažos reikšmės M. Reinio likimui po 1944 m. sovietinės reokupacijos. M. Reinys buvo nuoseklus bolševizmo, kaip didžiausio tikėjimo priešo ir kitų blogybių šaltinio, priešininkas ir aistringas kovotojas su šiuo blogiu. Bolševizmo ydas ir jo keliamus pavojus Bažnyčiai ir žmonių moralei, apskritai žmonijos gerovei, jis atvirai aiškino savo 1940–1941 m. pamoksluose. Tų pamokslų pagrindu nacių okupacijos metais laikraštyje „Naujoji Lietuva“ paskelbta keletas jo straipsnių. Šie rašiniai turėjo didžiulės auklėjamosios reikšmės Vilniaus ir visos Rytų Lietuvos lietuviams. Antibolševikinės pamokslų mintys ir rašiniai laikraštyje ženkliai prisidėjo prie konflikto su sovietais atomazgos: po reokupacijos visa tai buvo panaudota kaip įkaltis, susidorojant su arkivyskupu M. Reiniu.

Praūžus frontui, 1944 08 08 į Vilnių sugrįžo arkivyskupas R. Jalbžykovskis ir perėmė arkivyskupijos valdymą. Iš karto paaiškėjo, kad nebuvo pasimokyta iš netolimos praeities klaidų. M. Reinys vėl kurijoje praktiškai buvo nušalintas nuo visų darbų. Arkivyskupas metropolitas R. Jalbžykovskis vėl ėmėsi eskaluoti ankstesnį konfliktą, kuris nieko gero nebuvo davęs praeityje ir nieko gero nežadėjo ateičiai, išskyrus tolesnį tikinčiųjų supriešinimą tautiškumo pagrindu. Dialogui nebuvo palikta erdvės.

1945 m. sausio pabaigoje R. Jalbžykovskis buvo sovietų areštuotas, bandant sudaryti politinio pobūdžio bylą, bet po mėnesio buvo paleistas ir emigravo į Lenkiją. M. Reinys, nesant ordinaro, vėl tapo Vilniaus arkivyskupijos apaštaliniu administratoriumi, iš naujo susidurdamas su sovietų valdžia ir jos pinklėmis. Būdamas geros politinės orientacijos, neblogai pažinodamas bolševizmo esmę ir sovietinę sistemą, M. Reinys suvokė, kas jo laukia, jeigu jis atkakliai ir nuosekliai gins Bažnyčią ir tikinčiųjų teises. Suvokė tapsiąs sovietų eskaluojamo totalinio konflikto su Bažnyčia auka, kuriai bus bandoma primesti politinius kaltinimus. M. Reinys užuot politikavęs, anot jo bičiulio kun. Juozo Čepėno, – „mylėjo Dievą, savo Tėvynę, jos žmones, troško jiems laikinos ir amžinos laimės; vedė visus prie tikros tiesos, gėrio, grožio, – prie Absoliučios Dvasios pasaulio, diegė žmonių širdyse Kristaus Evangelizacijos sėklą“⁸.

Konfliktai, kurių sūkuryje atsidūrė arkivyskupas M. Reinys, nebuvo sąlygoti jo elgesio. Tuos konfliktus sąlygojo, juos provokavo ir gilino sovietų ir nacių totalitariniai režimai, niokoję ne tik Lietuvos politinį, ūkinį ir kultūrinį, bet ir dvasinį gyvenimą. Didžiulės reikšmės kai kurių konfliktų aštrinimui turėjo tautinis ir valstybinis Lietuvos ir Lenkijos susipriešinimas, intensyvi lenkiškojo nacionalizmo sklaida Rytų Lietuvoje. M. Reinio nuoširdūs bandymai pradėti dialogą, ten kur jis buvo įmanomas bei naudingas bažnyčiai ir tikintiesiems, neretai liko be atgarsio ar davė minimalius vaisius.

Su Vilniumi ir Rytų Lietuva buvo susijęs nuo paauglystės: čia mokėsi liaudies mokykloje, 1901–1905 m. studijavo Vilniaus kunigų seminarijoje, 1914–1922 m. darbavosi Vilniuje įvairiuose pastoracinio darbo bei švietimo baruose, netgi rūpinosi Vilniaus universiteto atkūrimu, profesoriavo Vilniaus kunigų seminarijoje. Apaštalų Sosto pasirinkimą lėmė ne tik tai, kad M. Reinys gerai žinojo Vilniaus specifiką, bet ir tai, jog plačiai buvo žinoma jo erudicija, taktiškumas ir tolerancija.

Pasirinkimui neabejotinai įtakos turėjo ir tai, jog M. Reinys buvo sukaupęs diplomatinio darbo patirtį. Toji patirtis Vatikanui buvo gerai žinoma, nes M. Reiniui esant užsienio reikalų ministru buvo rengiamas ir pasirašytas Lietuvos konkordatas su Apaštalų Sostu. Vėliau įvykiai parodė, kad jo taktiškumas ir tolerancija Vilniaus arkivyskupijos kurijos aplinkoje buvo suvokti kaip silpnavališkumas, nuolaidumas ir neryžtingumas. Diplomatinė patirtis pravertė nacių okupacijos metais.

M. Reinys, suvokdamas būsiant sudėtingą ir sunkią savo padėtį Vilniuje, manė atsisakyti paskyrimo, bet savo seno bičiulio kun. J. Čepėno buvęs įtikintas, jog bonus Ecclesiae et publicum (Bažnyčios ir visuomenės gerovė) reikalauja, kad jis imtųsi jam skiriamos misijos. M. Reinys priėmė paskyrimą, būdamas nusiteikęs ir atviras plačiam dialogui su Vilniaus arkivyskupu, vyskupijos kurija, įvairiataučiais kunigais bei tikinčiaisiais, kad Bažnyčia naujomis sąlygomis, pasikeitus politinėms aplinkybėmis, galėtų plėtoti savo veiklą, vienodai rūpindamasi visų tautybių katalikų sielovada.

Vilniaus arkivyskupo pagalbininku M. Reinys tapo sovietinės okupacijos pradžioje, pačiame karštligiško pasirengimo Lietuvos aneksijai įkarštyje, kuomet kaip niekad anksčiau reikėjo visų Lietuvos katalikų dvasininkų ir apskritai visų katalikų, nežiūrint jų tautybės, sutelktų pastangų atremti sovietinio režimo totalinį puolimą prieš bažnyčią arba bent jau sumažinti to puolimo padarinius.

Vilniuje vienybės nebuvo sulaukta dėl siaurų politinių interesų kurijoje, todėl metropolito ir kurijos pareigūnų buvo sutiktas nepalankiai, netgi priešiškai, vien dėl to, kad jis buvo lietuvis. Kurijoje demonstratyviai negavo jokio darbo ar bent laikino pavedimo, jam netgi nebuvo pasiūlyta apsigyventi arkivyskupo rūmuose. Kurijoje visus reikalus tvarkė pats R. Jalbžykovskis su kurijos aparatu, kuriame nebuvo nė vieno lietuvio. Apskritai čia į lietuvius kunigus buvo žiūrima ne tik nepalankiai, bet su aiškiu nepasitikėjimu, netgi priešiškai.

Metropolitui ir arkivyskupijos kurijai vis daugiau įsijungiant į politikos dalykus, Rytų Lietuvoje vietoje konsolidacijos, tuo metu taip reikalingos bažnyčiai ir tikintiesiems, buvo skaidomos katalikų dvasininkų jėgos, siekiama aštrinti lenkų ir lietuvių kunigų priešpriešą. Manytina, kad kurijoje atstumiant M. Reinį, buvo tiesiogiai parodyta nepagarba ir netgi priešiškumas Apaštalų Sosto sprendimui.

Laukto dialogo M. Reinys Vilniuje nesulaukė, o susidūrė su aštriu konfliktu, kurį apraminti galėjo tik kurijos geranoriškos pastangos ir laikas, bet politinių įvykių raida tam nedavė laiko, o pastangų nebuvo parodyta. M. Reinys, važiuodamas į Vilnių, tikėjosi tam tikro konflikto su lenkų dvasininkais, bet manė jį greitai ir lengvai išsispręsiant. Visiškai netikėtai Vilniuje M. Reinys pateko į dar vieno konflikto sūkurį, kurį su bažnyčia provokavo sovietų pradėtas diegti režimas. NKVD greitai suvokė, kokį pavojų gali kelti, įvairias gyvenimo sritis sparčiai sovietizuojant, toks intelektualus ir tolerantiškas arkivyskupas, Lietuvoje turėjęs didelį autoritetą. Užtat jau 1940 m. rugsėjį–spalį M. Reinys apsupamas paskubomis užverbuotais agentais.

Čekistus ypač domino lietuvių ir lenkų dvasininkų tarpusavio santykiai, kad galėtų efektyviau skaidyti bažnyčios pastangas priešintis sovietizavimui bei brutaliai visuomenės ateizacijai. Juos domino M. Reinio pamokslų turinys, jo asmeninis požiūris į sovietų valdžią ir jos politiką. Čekistai greitai išsiaiškino, kad M. Reinys bolševizmą laikąs žmonijos blogiu, liaudies nelaime ir manąs, jog kovai su juo turį būti suvienyti visi, kas nepatenkintas sovietais, kas priešiškas bolševizmui. Čekistams taip pat išaiškėjo, kad dėl lenkų nacionalistų politikos neįmanomi bendri lietuvių ir lenkų dvasininkijos veiksmai.

Taip pačiam arkivyskupui tiesiog nenujaučiant, gilėjo konfliktas su sovietų valdžia. M. Reinys aštrino šį konfliktą, pamoksluose atvirai dėstęs savo antibolševikines nuostatas.

Sovietinę okupaciją 1941 m. birželį pakeitė nacių okupacija. Naciai nerodė didesnio palankumo bažnyčiai, bet kol kas Lietuvoje nepersekiojo dvasininkų, kaip tai darė Reiche ar kituose okupuotuose kraštuose, ypač Lenkijoje, tačiau atidžiai stebėjo Bažnyčios veiklą Lietuvoje.

1941 m. pabaigoje vokiečių saugumo tarnyba politinėje suvestinėje aukščiausiems Reicho pareigūnams rašė: „Visose okupuotose Rytų srityse jaučiamas stiprus vadovaujantis bažnytinių jėgų pagyvėjimas. Katalikų dvasininkija daugiausia darbuojasi kažkada buvusiose lenkiškose srityse ir Lietuvoje. […] Ji stiprina ir plečia savo veiklą, palyginus su baltarusių stačiatikiais“⁴.

Taip gilumoje objektyviai brendo naujas konfliktas, šį kartą su naciais. Skirtumas nuo konflikto su sovietais buvo tik tas, kad naciai kol kas buvo palikę tam tikrą erdvę dialogui su Bažnyčia, o sovietai iš karto pradėjo brutalų spaudimą, siekdami pašalinti Bažnyčią ir jos tarnus iš visuomenės gyvenimo, nerodydami jokio noro bendrauti, bet reikalaudami paklusnumo. M. Reinys nacių laikais ir pasinaudojo šia nedidele dialogo galimybe, siekdamas, kiek tai įmanoma tokiu metu apsaugoti Bažnyčią, dvasininkus ir tikinčiuosius nuo nacių represijų.

Katalikų dvasininkai lietuviai dalyvavo lietuvių tautiniame (nepriklausomybės), antinaciniame pasipriešinime dvasininkų luomui priimtinomis formomis. Tai buvo ypač ryšku Vilniuje.

Į antinacines tautinio pasipriešinimo bei šalpos organizacijas, jų vadovybę buvo įsijungę M. Reiniui artimi kunigai Vilniuje: Alfonsas Lipniūnas, Ladas Tulaba ir kiti. M. Reinys to nežinoti negalėjo, nors pats į tokią veiklą tiesiogiai neįsitraukė. Kur kas plačiau ir atviriau antinaciniame lenkų tautiniame pasipriešinime dalyvavo lenkų kunigai. Nemaža jų buvo susiję su ginkluotu lenkų pasipriešinimu.

Tai buvo būdinga ne tik Vilniui ir Rytų Lietuvai, bet ir visoms buvusioms Lenkijos teritorijoms. Užtat okupuotuose kraštuose naciai intensyviausiai persekiojo lenkų kunigus ir vienuolijų narius, daugelis jų buvo sukišti į lagerius ir kalėjimus.

Tokiomis aplinkybėmis, kai lenkų tautinio antinacinio pasipriešinimo pogrindis ir Lenkijos piliečiai Rytų Lietuvoje vienodai laikė okupantais tiek nacius, tiek lietuvius, neretai lietuvius vertinant kur kas kategoriškiau nei nacius, laikant visus lietuvius nacių kolaborantais, M. Reinio konfliktas su kurija ir Rytų Lietuvos lenkais tik gilėjo. Buvo požymių, kad M. Reinys lenkų pogrindžio sekamas per tarnus bei vienuoles netgi savo bute.

Naciai daugelyje Lenkijos vyskupysčių uždarė visus vienuolynus, vienuolius išvarė priverstiniams darbams, ar šiaip iškeldino. Į kalėjimus ar lagerius pateko beveik visi lenkų jėzuitai. Buvo įkurtas specialus konclageris vienuolėms.

Kalėjimuose bei lageriuose atsidūrė daugybė lenkų kunigų. Lenkų kunigus bei vienuolius Rytų Lietuvoje naciai pradėjo persekioti bene vėliausiai, lyginant su kitomis okupuotomis teritorijomis.

1942 m. kovą naciai ėmėsi masinių represijų prieš lenkų dvasininkiją ir vienuolijas Vilniuje. Kovo 3 d. gestapas po kratos Vilniaus kunigų seminarijoje suėmė ir įkalino Lukiškėse 14 profesorių ir apie 70 klierikų.

Vėliau keli lietuvių kilmės klierikai buvo paleisti, o klierikai lenkai (kartu su jais tikriausiai ir gudai) išvežti priverstiniams darbams į Vokietiją. Nustojo egzistavusi Vilniaus kunigų seminarija.

Beje, R. Jalbžykovskis ne tik iki 1939 m., bet ir 1940 m. bei 1941 m. vengė priimti lietuvius į šią kunigų seminariją, pirmenybę teikdamas asmenims, kilusiems iš centrinių Lenkijos vaivadijų, apskritai stengtasi priimti kuo mažiau vietinės kilmės jaunuolių, netgi ne lietuvių. 1939 m. rudenį Vilniuje apsigyveno iš centrinės Lenkijos kilusių daug jaunų žmonių kaip karo pabėgėliai, jų tarpe buvo karininkų.

Neatmestina mintis, jog kažkiek tų jaunų vyrų 1939–1941 m. buvo priimta į seminariją, siekiant apsaugoti juos nuo areštų. Tokie žmonės neabejotinai buvo susiję su lenkų pogrindžiu. Šitai gal buvo viena iš priežasčių gestapo represijoms prieš seminariją. Kovo 22 d. naciai suėmė metropolitą R. Jalbžykovskį bei kurijos kanclerį kanauninką Adamą Savickį, išvežė juos į Marijampolę ir internavo Marijonų vienuolyne. Po kelių dienų vėlgi gestapas Vilniuje suėmė 60 vienuolių vyrų ir 222 vienuoles. Po dviejų mėnesių vienuolės, išskyrus seseris dominikones, iš kalėjimo buvo paleistos tik M. Reinio dėka. Po ilgų derybų su naciais jam pavyko apginti vienuoles nuo priverčiamųjų darbų Reiche.

Bet vienuolynai jau buvo išardyti, iš kalėjimo paleistoms vienuolėms buvo uždrausta dėvėti abitus, jos privalėjo įsidarbinti ir registruotis, kitaip joms grėsė išvežimas priverstiniams darbams į Vokietiją. Areštuotieji kunigai ir nemažai vienuolių vyrų 1942 m. rudenį buvo išvežti į Šaltupių ir Panevėžiuko darbo stovyklas. M. Reiniui pavyko juos išgelbėti nuo išvežimo į koncentracijos stovyklas Reiche, kur sąlygos buvę kur kas sunkesnės negu minėtose stovyklose Lietuvoje.

Po R. Jalbžykovskio arešto ir tremties M. Reinys tapo faktiškuoju arkivyskupijos valdytoju, nes Vatikano buvo paskirtas metropolito pagalbininku su paveldėjimo teise. Jam domintis lenkų dvasininkų areštų aplinkybėmis, nacių civilinės okupacinės administracijos pareigūnai aiškino, jog areštai įvykdyti politiniais motyvais ir nesusiję su religija. 1942 m. birželio 22 d. Šventasis Sostas arkivyskupą M. Reinį oficialiai paskyrė apaštaliniu Vilniaus vyskupijos administratoriumi.

M. Reiniui tapus arkivyskupijos apaštaliniu administratoriumi, t. y. visateisiu jos šeimininku, kaip tik ir buvo tiesiogiai susidurta su nacių okupacine administracija.

Iki tol jam, kurijoje neprileidžiamam prie arkivyskupijos reikalų tvarkymo, su nacių okupacine administracija susidurti beveik neteko. Kaip tik tuomet M. Reiniui ir prireikė diplomato patirties, kurijai laviruojant tarp nacių spaudimo ir tikinčiųjų reikalų gynimo, vis dar neatslūgstant konfliktui su lenkų kilmės kunigais bei jų paakinamais tikinčiaisiais.

Kita vertus, M. Reinys gavo ne tik galimybę, bet ir įgaliojimus rūpintis visų tautybių katalikų reikalais tolokai į gudiškas sritis nusidriekusioje Vilniaus arkivyskupijos teritorijoje, išskyrus pietinę jos dalį, įjungtą į Naująją Rytų Prūsiją.

Suprantama, kad buvo išnaudota galimybė gerinti visų katalikų padėtį ne tik Vilniuje, bet ir tolokai į Rytus, geriau rūpintis jų sielovados reikalais, neskriaudžiant nei lenkų, nei gudų katalikų. Jis čia buvo tolerantiškas kiekvienai tautinei tikinčiųjų bendruomenei. Stengėsi pagal galimybę į lenkiškas parapijas skirti kunigus lenkus, į gudiškas – gudus, į lietuviškas – lietuvius, bet labai trūko kunigų lietuvių, o iš kitų vyskupijų kviečiami kunigai nenorėjo keltis į Rytų Lietuvą.

Kai kuriose mišriose parapijose, kur buvo galimybė, įvedė pamaldas lietuvių ar gudų kalbomis, atsižvelgdamas į tautinę tikinčiųjų struktūrą. Daugelį žmonių patenkino tokia kurijos politika. Kita vertus, tai silpnino lenkų kunigų įtaką Rytų Lietuvoje ir gudiškose srityse. Užtat lenkų tautinis pogrindis negalėjo būti patenkintas M. Reinio veikla.

R. Jalbžykovskio ir kitų areštai paaštrino M. Reinio konfliktinę situaciją, nes nemaža lenkų kunigų ir vienuolių areštus manė esant lietuvių ir pačio M. Reinio intrigų pasekmėmis, kadangi tokį požiūrį į visus lietuvius, kaip nacių kolaborantus, atkakliai ir kryptingai formavo lenkų tautinis (nepriklausomybės) pasipriešinimo naciams pogrindis.

O tuo metu M. Reinys, panaudodamas savo diplomatinę patirtį, kurijai laviruojant tarp nacių okupacinės administracijos, lenkų kunigų bei tikinčiųjų, bandė jam įmanomais būdais švelninti nacių antilenkiškas akcijas. Jau minėtas to M. Reinio dialogo su nacių administracija rezultatas: pavyko išlaisvinti daugumą gestapo areštuotų moterų vienuolių ir išvengti jų išvežimo priverstiniams darbams į Reichą, suimti lenkų kunigai bei vienuoliai vyrai, buvo paimti į darbo stovyklas, bet iš Lietuvos jie nebuvo išvežti. Pietų Lietuvoje naciai daugiau nebesiėmė masinių represijų prieš lenkų kunigus. Visa tai – M. Reinio dialogo su okupacine administracija nuopelnas.

Itin svarbus M. Reinio laviravimo ir dialogo su nacių administracija rezultatas – Vilniaus kunigų seminarijos atkūrimas nuo 1942 m. rudens. Seminarija 1942 09 28 atnaujino veiklą būtent M. Reinio pastangomis. Naciai nei oficialiai leido, nei uždraudė atkurti seminariją. Buvo tik uždrausta priimti lenkų kilmės klierikus. M. Reinys ir čia surado išeitį, lenkus, pretendentus į seminariją, paskirstė klebonams, kad jų globojami klierikai-neakivaizdininkai pasiruoštų egzaminams ir juos privačiai, t. y. nelegaliai, laikytų pas seminarijos profesorius lietuvius.

Taip šalia nacių toleruojamos, viešai veikusios lietuviškos Vilniaus kunigų seminarijos, M. Reinio dėka veikė lyg ir pogrindinė lenkų kunigų seminarija. Naciams uždarinėjant Lietuvoje aukštąsias mokyklas, 1943 03 18 vėl buvo uždaryta Vilniaus kunigų seminarija, bet didžiulių M. Reinio pastangų dėka pavyko gauti leidimą tęsti seminarijos darbą.

Nuo 1943 10 18 vėl pradėjo veikti seminarija. Tęsėsi nelegalios lenkų klierikų-neakivaizdininkų, apgyvendintų pas klebonus, studijos. Beje, seminarijos rektoriumi visą tą laiką buvo kun. L. Tulaba.

Dar iki arešto R. Jalbžykovskis, aštrindamas konfliktą ir norėdamas išstumti M. Reinį, skundė jį Vatikanui. Skundus rašė ir kitų inspiruoti lenkai tikintieji. Buvo bandoma subrandinti konfliktą tarp M. Reinio ir Apaštalų Sosto. M. Reinys buvo skundžiamas neva dėl savivaliavimų ir katalikams lenkams daromų skriaudų. Ypač buvo pasinaudota tuo, kad M. Reinys, turėdamas apaštalinio administratoriaus įgaliojimus, ryžosi padaryti nedidelius, bet labai svarbius vietos žmonėms pakeitimus liturgijoje. Švenč. Mergelės Marijos litanijoje panaikino invokaciją „Lenkijos Karaliene, melski už mus“, kai litanija kalbama viešai. M. Reinys nurodė šią invokaciją praleisti bažnyčiose ar kur kitur viešai kalbant litaniją, dėl to, kad lietuviai ir gudai katalikai nenorėjo taip melstis. Kita vertus, naciai buvo uždraudę bažnyčiose gegužės 3 d. minėti Mergelės Marijos Lenkijos Karalienės šventę, užtat M. Reinys leido 1944 m. bažnytinį kalendorių išspausdinti be šios šventės.

Informacija apie M. Reinio, kaip arkivyskupijos valdytojo veiklą, pasiekė Londoną, kur rezidavo Lenkijos vyriausybė emigracijoje ir buvo lenkų vyskupų. Žinios apie tai pasiekdavo ir vyskupus Lenkijoje. Lenkų vyskupai darė spaudimą Vatikanui neva dėl M. Reinio savivaliavimų.Vatikano valstybės sekretorius dėl to įspėjo M. Reinį, o Lenkijos vyskupams aiškino, jog M. Reinio paskyrimas esąs laikinas reiškinys, kurį sąlygojo susiklosčiusi politinė padėtis ir M. Reinys turįs laikytis jam duotų instrukcijų. Pasiaiškinime Vatikanui M. Reinys rašo: „Grąžinti invokaciją, tiek Lenkijos Karalienės šventę šiuo karo metu, mano giliu įsitikinimu, moraliai yra negalima, neįstatant į didelius pavojus Bažnyčios reikalus, dvasiškiją ir tikinčiuosius“⁶. Pasiaiškinęs M. Reinys paprašė jį atleisti iš Vilniaus arkivyskupijos apaštalinio administratoriaus pareigų. Iš šalies subrandintas Apaštalų Sosto ir M. Reinio konfliktas išsisprendė taikiai: nebuvo pakeistas M.Reinio sprendimas dėl minėtos invokacijos, o M. Reinys nebuvo atleistas iš apaštalinio administratoriaus pareigų. Tik buvo nurodyta, kad ateityje M. Reinys „teatsižvelgia į lenkų kentėjimus, kurie sudaro Vilniaus arkivyskupijos daugumą, kiek galėdamas tepatenkina jų pageidavimus, teatsižvelgia labiau į arkivyskupą Jalbžykovskį“⁷.Apskritai M. Reinys stengėsi apsaugoti Bažnyčią, kad ji Lietuvoje nebūtų įvelta į politikavimą. Pirmajam generaliniam tarėjui P. Kubiliūnui 1943 04 24 laiške tiesiai pareiškė: „[…] įsakyti kunigams kalbėti iš sakyklos apie pasaulinius dalykus negalima, nes tai visai pamatuotai iš principo draudžia Apaštalų Sosto priimtas dekretas“⁷. Vatikane buvo suvokta, kad Bažnyčios labui M. Reinys turįs likti kol į Vilnių sugrįšiąs metropolitas R. Jalbžykovskis arba kaip kitaip po karo paaiškėsianti politinė padėtis.

Nacių okupacijos metais brendo gilus konfliktas su sovietais, turėjęs nemažos reikšmės M. Reinio likimui po 1944 m. sovietinės reokupacijos. M. Reinys buvo nuoseklus bolševizmo, kaip didžiausio tikėjimo priešo ir kitų blogybių šaltinio, priešininkas ir aistringas kovotojas su šiuo blogiu. Bolševizmo ydas ir jo keliamus pavojus Bažnyčiai ir žmonių moralei, apskritai žmonijos gerovei, jis atvirai aiškino savo 1940–1941 m. pamoksluose. Tų pamokslų pagrindu nacių okupacijos metais laikraštyje „Naujoji Lietuva“ paskelbta keletas jo straipsnių. Šie rašiniai turėjo didžiulės auklėjamosios reikšmės Vilniaus ir visos Rytų Lietuvos lietuviams. Antibolševikinės pamokslų mintys ir rašiniai laikraštyje ženkliai prisidėjo prie konflikto su sovietais atomazgos: po reokupacijos visa tai buvo panaudota kaip įkaltis, susidorojant su arkivyskupu M. Reiniu.

Praūžus frontui, 1944 08 08 į Vilnių sugrįžo arkivyskupas R. Jalbžykovskis ir perėmė arkivyskupijos valdymą. Iš karto paaiškėjo, kad nebuvo pasimokyta iš netolimos praeities klaidų. M. Reinys vėl kurijoje praktiškai buvo nušalintas nuo visų darbų. Arkivyskupas metropolitas R. Jalbžykovskis vėl ėmėsi eskaluoti ankstesnį konfliktą, kuris nieko gero nebuvo davęs praeityje ir nieko gero nežadėjo ateičiai, išskyrus tolesnį tikinčiųjų supriešinimą tautiškumo pagrindu. Dialogui nebuvo palikta erdvės.

1945 m. sausio pabaigoje R. Jalbžykovskis buvo sovietų areštuotas, bandant sudaryti politinio pobūdžio bylą, bet po mėnesio buvo paleistas ir emigravo į Lenkiją. M. Reinys, nesant ordinaro, vėl tapo Vilniaus arkivyskupijos apaštaliniu administratoriumi, iš naujo susidurdamas su sovietų valdžia ir jos pinklėmis. Būdamas geros politinės orientacijos, neblogai pažinodamas bolševizmo esmę ir sovietinę sistemą, M. Reinys suvokė, kas jo laukia, jeigu jis atkakliai ir nuosekliai gins Bažnyčią ir tikinčiųjų teises. Suvokė tapsiąs sovietų eskaluojamo totalinio konflikto su Bažnyčia auka, kuriai bus bandoma primesti politinius kaltinimus. M. Reinys užuot politikavęs, anot jo bičiulio kun. J. Čepėno, – „mylėjo Dievą, savo Tėvynę, jos žmones, troško jiems laikinos ir amžinos laimės; vedė visus prie tikros tiesos, gėrio, grožio, – prie Absoliučios Dvasios pasaulio, diegė žmonių širdyse Kristaus Evangelizacijos sėklą“.

Konfliktai, kurių sūkuryje atsidūrė arkivyskupas M. Reinys, nebuvo sąlygoti jo elgesio. Tuos konfliktus sąlygojo, juos provokavo ir gilino sovietų ir nacių totalitariniai režimai, niokoję ne tik Lietuvos politinį, ūkinį ir kultūrinį, bet ir dvasinį gyvenimą. Didžiulės reikšmės kai kurių konfliktų aštrinimui turėjo tautinis ir valstybinis Lietuvos ir Lenkijos susipriešinimas, intensyvi lenkiškojo nacionalizmo sklaida Rytų Lietuvoje. M. Reinio nuoširdūs bandymai pradėti dialogą, ten kur jis buvo įmanomas bei naudingas bažnyčiai ir tikintiesiems, neretai liko be atgarsio ar davė minimalius vaisius.