Ir tik rugsėjo 17 dieną Stepono Batoro universiteto Teologijos fakulteto dekanas kreipėsi į arkivyskupą, pranešdamas apie sumanymą pakviesti kun. dr. Henriką Hlebovičių Apologetikos katedros profesoriaus pavaduotoju ir prašydamas arkivyskupo leidimo. 1930 m. gruodžio 5 d. universiteto Senatas pagaliau patvirtino jį Fundamentinės teologijos katedros profesoriaus pavaduotoju. Nedelsiant buvo gautas arkivyskupo leidimas šioms pareigoms. Jaunas teologas ir filosofas kun, dr. H. Hlebovičius tapo jauniausiu fakulteto darbuotoju. Energingas, judrus kaip gyvsidabris kunigas pasinėrė į Stepono Batoro universiteto akademinio jaunimo sielovados reikalus. Labai greitai pagarsėjo kaip
pamokslininkas. Visada buvo giedrios nuotaikos, nevengė humoro. 1931 m. balandžio mėn. arkivyskupas jį paskyrė ir Stepono Batoro universiteto studenčių Marijos sodalicijos moderatoriumi. Vėliau jis dar buvo paskirtas Krikščioniškojo akademinio jaunimo “Juventus Christiana” draugijos vadovu, jaunųjų katalikų laikraščio “Pax” cenzoriumi. Taip jo sielovadinė veikla itin išsiplėtė.

Kun. dr. H. HleboviČius rėmėsi nuostata “vienybė skirtumuose”. Jam buvo priešiškos nacionalistinės, šovinistinės nuostatos. Buvo lenkų patriotu, bet lenkų nacionalizmą Vilniuje ir Rytų Lietuvoje vertino kaip lenkiškumo menkinimą ir niekinimą. Buvo tolerantiškas skirtingoms tautinėms kultūroms, kaip, beje, ir skirtingoms krikščionių Bažnyčios srovėms. Neapkentė totalitarizmo (taigi buvo tiek fašizmo, tiek ir bolševizmo priešininkas).

1932 ir 1933 metais sušlubavus sveikatai, vėl po mėnesį kitą gydėsi Zaleščykuose. 1933 m. gruodžio 11 d. būdamas Verenuve, pablogėjusios sveikatos skatinamas, atsisakė nuo visų pareigų, susijusių su akademinės bendruomenės sielovada.

Neaišku, kodėl kun. Henrikas Hlebovičius 1935 m. rugsėjo 10 d. pasiprašė arkivyskupo atleidžiamas iš Stepono Batoro universiteto profesoriaus pavaduotojo pareigų ir skiriamas sielovados darbui. Po kelių dienų jis buvo paskirtas laikinuoju Naujųjų Trakų parapijos
administratoriumi. Šios parapijos klebonu jis buvo paskirtas 1936 m. kovo mėnesį. Klebonas parapijiečių buvo mėgstamas, bet vis tiek Trakuose buvo momentų, kurie temdė giedrią kunigo nuotaiką. Keletą mėnesių jam netgi teko pavaduoti Senųjų Trakų kleboną.

Parapijos klebono darbas neigiamai paveikė kun. Henriko Hleboviciaus sveikatą, tad 1938 metų vasarą jis pasiprašė atostogų iki 1939 m. liepos l d. Gydėsi Rabkoje-Zdruj netoli Krokuvos. Besigydydamas dar dirbo – dėstė tikybą Rabkoje, buvusioje Sv. Teresės gimnazijoje.
Norėdamas ilgiau pasigydyti, 1939 m. balandžio mėn. prašėsi nedelsiant atleisti iš Trakų klebono pareigų ir pratęsti atostogas iki 1940 m. liepos l d., o besigydydamas manė dar padirbti metus Sv. Teresės gimnazijoje. Arkivyskupas iš klebono pareigų jį atleido tik nuo birželio 30 d., t.y. nuo anksčiau suteiktų atostogų pabaigos ir dar metams pratęsė atostogas. Leidimas išvykti iš Vilniaus arkivyskupijos metams jau buvo pasirašytas 1939 m. liepos 4 d., o po dviejų mėnesių prasidėjo karas, kuris jį užklupo, matyt, tolokai nuo Vilniaus. Į jį grįžo tik bolševikų okupacijos savaitėmis ar netgi po to, kai Vilnius buvo grąžintas Lietuvai.

Būdamas savo valstybės patriotas, kun. Henrikas Hlebovičius skaudžiai išgyveno Lenkijos pralaimėjimą 1939 metų rugsėjį. Matyt, ne mažiau skausmingas jam buvo ir Stepono Batoro universiteto pertvarkymas į Lietuvos valstybės universitetą (1939-1940 metais). Lenkiškoji
akademinė bendruomenė formaliai nustojo egzistavusi, bet praktiškai toji bendruomenė išliko iki 1944-1945 metų įvairiomis pogrindžio formomis. Tik sielovados reikalams jau nebesinaudojo Sv. Jonų bažnyčia. Kun. Henrikas Hlebovičius pastoraciniam darbui 1939 m. gruodžio 4 d. buvo paskirtas vikaru į Sv. Pranciškaus ir Bernardo bažnyčią Vilniuje.

Kaip tik tuo metu Vilniuje ir susikryžiavo kun. Henriko Hleboviciaus ir kun. Alfonso Lipniūno keliai.

Lietuvai atgavus Vilnių, iš Panevėžio atkeliamas Pedagoginis institutas (kuris tų pat metų kovo mėnesį į Panevėžį buvo perkeltas iš vokiečių užimtos Klaipėdos). Kartu į Vilnių persikėlė ir instituto lektorius kun. A. Lipniūnas. Iš pradžių arkivyskupas 1939 m. lapkričio 25 d. leidime kun. Lipniūno pastoracinę veiklą arkivyskupijos teritorijoje apribojo tik šv. Mišių aukojimu, neleisdamas sakyti pamokslų ar klausyti išpažinčių. O po poros dienų arkivyskupas kitu raštu leido jam Pedagoginiame institute dėstyti tikybą ir jūpintis jo studentų sielovada. 1939 m. gruodžio 16 d. Sv. Jonų bažnyčioje įvyksta oficialios paskutinės lenkiškos pamaldos Stepono Batoro universiteto studentams. Ši bažnyčia nuo 1940 metų pradžios tampa Vilniaus lietuviškosios akademinės bendruomenės užuovėja. Tačiau gana greitai bažnyčia peržengia akademines ar įprastas parapijos ribas. Tam turėjo įtakos naujai atsikėlusios į Vilnių lietuviškos inteligentijos bei studentijos bendravimo sąlygos, be to, žmones į šią bažnyčią savo pamokslais traukė kun. Alfonsas Lipniūnas, kuris buvo paskirtas universiteto kapelionu, suteikiant visus reikalingus leidimus (tad tuo pačiu tapo ir Šv. Jonų bažnyčios pamokslininku). Kartu jis buvo ir Aušros Vartų pamokslininkas. Šv. Jonų bažnyčioje telkėsi iš Kauno atsikėlę universiteto bei Žemės ūkio akademijos miškininkystės skyriaus studentai, iš Panevėžio atsikėlę Pedagoginio instituto studentai, šiaip kiti žmonės, atsieis iš Didžiosios Lietuvos. Jie Vilniuje atsidarė nelabai svetingoje aplinkoje, ir šitai skatino juos kur nors burtis bent šventadieniais. (Kun. A. Lipniūnui buvo pavesta ir iš Kauno atkeltos Caritas Socialinės moterų mokyklos sielovada ir tikybos dėstymas.)

Siekimas burtis itin sustiprėjo 1940 metų vasarą, nes prasidėjusi sovietinė okupacija, o po to ir valstybės aneksija, pasėjo nerimą, netikrumą ir baimę. Nuo tol kun. A. Lipniūno, kaip Lietuvos piliečio, protas ir energija buvo nukreipti kovai su okupantais, kurie Lietuvoje keitė vienas
kitą. Būdamas piliečiu, jis negalėjo vengti dalyvavimo toje kovoje, bet būdamas dvasininkų luomo atstovu, jis turėjo pasirinkti tinkamas kovos formas. Nuo tol svarbiausiu jo kovos ginklu tampa įtaigus pamokslininko žodis, katalikiškojo lietuvių jaunimo organizavimas, o paskui ir labdara, kuri Vilniuje tapo viena iš kovos formų.

Antisovietinis pogrindis Lietuvoje pradėjo reikštis 1940 metų rugpjūčio pabaigoje – rugsėjo mėnesį. Kaune ir Vilniuje jis sustiprėjo renkantis studentams iš provincijos. Taip jau Lietuvoje tuomet susiklostė, kad iš jaunimo pirmieji į antisovietinį pogrindį pradėjo burtis katalikiškojo jaunimo atstovai – ateitininkai. Štai čia ir pravertė kun. A. Lipniūno anksčiau sukaupta ateitininkų, ir apskritai jaunimo, organizavimo patirtis, jo ryšiai. Po Šv. Jonų bažnyčios skliautais pradedamas telkti akademinis jaunimas.

Kun. A. Lipniūno intelekto ir organizacinio talento dėka Vilniaus lietuviškajame antisovietiniame pasipriešinimo judėjime sutelkiamos pilietiškumo, tautiškumo ir katalikiškumo idėjos. Be didesnių abejonių galime tvirtinti, kad pirmuosius antisovietinio pasipriešinimo būrelius Vilniuje subūrė kun. Alfonsas Lipniūnas. Tuose būreliuose telkėsi akademinis jaunimas ir jauni Vilniaus universiteto dėstytojai. Jo asmeniniai ar grupiniai pokalbiai, jo pamokslai turėjo tiesioginės įtakos Vilniaus naujųjų lietuvių, o ypač studentų, apsisprendimui. Neabejotinas ir kun. Alfonso Lipniūno indėlis į 1940 m. spalio mėnesį Vilniuje sukurtą pogrindžio organizaciją – Lietuvai išlaisvinti komitetą,
kuriame veikė jauni inteligentai, universiteto dėstytojai, jaunesnieji karininkai. Būta jo ryšių ir su Lietuvos Laisvės kovotoju sąjungos, veikusios nuo 1940 m. gruodžio mėnesio, Vilniaus Štabu.

Kun. A. Lipniūno pamokslai Šv. Jonų bažnyčioje sovietinės okupacijos metais siejami su to meto Lietuvos realijomis ir kupini pilietiško patoso, padėjo ne vienam apsispręsti. Kun. A. Lipniūnas suprato, kad jo sakomi politiškai aktualūs pamokslai gresia jo saugumui ir netgi
gyvybei. (Beįsigalinti sovietinė sistema beatodairiškai traiškė visa, kas priešinosi, galėjo priešintis ar bent nesutiko su ja.) O NKVD aiškiai matė, koks yra kun. A. Lipniūno vaidmuo lietuviškai Vilniaus visuomenės daliai. Dėl kun. Alfonso Lipniūno veiklos NKVD du kartus jį tardė. Kol kas dar paliko jį laisvėje. Matyt, nebuvo atėjęs laikas didesnėms represijoms prieš dvasininkiją, be to, tikriausiai sekė kunigą ir jo aplinką, kad išaiškintų jo ryšius.

Sovietinės okupacijos metais, abipusės nelaimės akivaizdoje, pradėjo megztis nuoširdesni kun. Ar Lipniūno ryšiai su lenkiškąja Vilniaus visuomenės dalimi. Artimiausiai, bent jau iš pradžių, turėjo bendrauti su lenkų kunigais. Per kunigus mezgėsi ryšiai su lenkų inteligentais,
ypač susijusiais su Vilniaus universitetu.

Žadinantį viltį pamokslą kun. A. Lipniūnas Šv. Jonų bažnyčioje pasakė ir paskutinį sovietmečio sekmadienį – 1941 m. birželio 15 d., atsiliepdamas į dieną prieš tai prasidėjusią masinę Lietuvos žmonių deportaciją į Sibirą. Galbūt tai ir buvo pats ryškiausias jo pamokslas sovietizacijos metais.

Kun. Henrikas Hlebovičius, būdamas taip pat labai veiklus žmogus, į lenkiškąjį pasipriešinimo pogrindį įsitraukė nuo pat jo pradžios. Savo politinėmis visuomeninėmis pažiūromis buvo artimas socialdemokratams, pasisakė už radikalią žemės reformą. Dėl radikalių visuomeninių politinių pažiūrų Laskų aplinkoje netgi buvo vadinamas bolševiku. Tad neatsitiktinai įstojo į lenkų socialistų pogrindžio organizaciją “Akcja Ludowa”, netgi buvo jos vadovybės narys. (Boleslavo Ševiko slapyvardžiu rašė straipsnius į šios organizacijos pogrindinį laikraštį “Jutro Polski”.)

Sovietinės okupacijos sąlygomis 1940-1941 metais kun. H. Hleboviciaus drąsūs, kupini pilietinio patoso pamokslai lenkiškajai Vilniaus visuomenės daliai turėjo tokios pat įtakos ir reikšmės kaip ir kun. A. Lipniūno pamokslai lietuviškajai jos daliai. Juo labiau artėjo karo pradžia, juo daugiau siautėjo NKVD teroras, tuo drąsesni ir atviresni darėsi šių dvieji} aistringų pamokslininkų pamokslai. Bene ryškiausią patriotinį pamokslą, skirtą Vilniaus jaunimui, kun. H. HleboviČius pasakė Sv. Jurgio bažnyčioje 1941 m. gegužės 3 dieną. Tas pamokslas buvo siejamas su Gegužės 3-osios Konstitucijos jubiliejumi (jis buvo skirtas valstybingumo problemoms). Aštriai ir viešai okupacijos sąlygomis iškelta patriotinė tema, pamokslininko oratoriaus talentas tiesiog pribloškė klausytojus. Pamokslininkas sukrėtė klausytojus ir tuo, kad tiesiai ir atvirai demaskavo žmogžudišką stalinizmo ideologiją. 1940-1941 metais tai buvo tikrai labai žinomas kunigas Vilniuje.

1941 metų birželį lietuviams trumpam švystelėjo Nepriklausomybės atkūrimo vilties žiburys. Birželio 26 d. Naujosiose Rašų kapinėse, netoli 1920 metais žuvusių abiejųtautų kanų kapų, Vilnius iškilmingai laidojo 24 lietuvių sukilėlius, Žuvusius kovose su besitraukiančiais sovietiniais okupantais. Kritusius į amžino poilsio vietą palydėjo ir kun. A. Lipniūnas. Lydėjo į kapus ne tik dėl to, kad tuomet Rasų kapinės buvo Šv. Jonų bažnyčios žinioje. Kunigas laidojo savo bendražygius iš antisovietinio pogrindžio. Tarp žuvusiųjų buvo ir studentų. Tad ir birželio 29 d. sekmadienio pamoksle Sv. Jonų bažnyčioje kun. A. Lipniūnas sujungė džiaugsmą dėl sovietinių okupantų pasitraukimo, Nepriklausomybės atkūrimo viltį ir skaudžios netekties gėlą. Naujos okupacijos tamsoje šviesos spinduliu, žadinančiu viltį ir sulaikančiu nuo daugelio paklydimų, buvo Šv. Jonų bažnyčios pamokslininkas ir jo žodis.

Nugriaudėjus frontui Maskvos link, iš pradžių Šiek tieklaisviau pasijuto ir lenkai, bet lenkiškasis pasipriešinimo judėjimas įgavo naujas formas. Tokioje aplinkoje Rytų Lietuvos lenkiškoji katalikų dvasininkija energingai ėmėsi misijų akcijos Rytuose. Kunigai vyko į tas katalikiškas ar mišrias Gudijos teritorijas, kurios po 1918 metų atiteko sovietams. Ten jie ėmėsi telkti seniai be ganytojų likusius katalikus, dirbti sielovados darbą sovietinio teroro nualintame krašte, atgauti apleistas ir išniekintas bažnyčias. (Praktiškai misijų veikla turėjo sklisti Abiejų Tautų Respublikos 1772 metų užimamoje teritorijoje. Tų vermachto okupuotų teritorijų politinė ateitis buvo neaiški. Jeigu katalikiškose Rytų teritorijose misijų nebūtų ėmęsi katalikai, tai neišvengiamai Čia misijas būtų pradėjusi stačiatikių dvasininkija.)

Beje, vokiečių specialiosios tarnybos 1941 metų rudenį pastebėjo kur kas didesnį katalikų dvasininkijos aktyvumą, lyginant su stačiatikiais. Politinėje suvestinėje, skirtoje aukščiausiems Reicho pareigūnams, vokiečių saugumo tarnyba 1941 metų pabaigoje rašė: “Visose okupuotose Rytų srityse jaučiamas stiprus vadovaujantis bažnytinių jėgų pagyvėjimas,. Katalikų dvasininkija daugiausia darbuojasi kažkada buvusiose lenkiškose srityse ir Lietuvoje. (…) Ji stiprina ir plečia savo veiklą, lyginant su baltarusių stačiatikiais”. Matyt, vokiečių specialiosios tarnybos buvo neblogai informuotos. Šioje suvestinėje atsispindi ir tam tikras kunigų H. Hleboviciaus ir A. Lipniūno indėlis.

1941 m. rugsėjo pradžioje Plešcenicų rajono viršininkas, vokiečių karo komendantui pritarus, kreipėsi j Aleškevičių parapijos kleboną, prašydamas į Chatajevičių parapiją atsiųsti kunigą, mokantį gudiškai, kurio čia laukia visi gyventojai katalikai. Po poros savaičių tas raštas pasiekė Vilniaus arkivyskupijos kuriją. Rugsėjo 20 d. kurijos kancleris išrašė tokį pažymėjimą:
Zaswiadczenie Ninejszem pismem Kurįa Metropolitalna Wilenska zaswiadcza ze ks. dr. Henryk Hlebowicz przeznaczony jest przez wladzę duchowną do pomocy ks. Al. Lubeckiemu w pracy duszpasterskiej w Chotajewiczach rejonu Pleszczenice. Kanclerz Kurji

Su šiuo pažymėjimu kun. H. Hlebovičius rugsėjo mėnesio pabaigoje iš Vilniaus atvažiavo į Osciukovičių dvarelį, netoli buvusios lenkų-sovietų sienos. Porą dienų pailsėjęs, dvarelio koplyčioje aukojęs šv. Mišias, kun. H. HleboviČius išvyko toliau į Rytus. Jau už buvusios sienos. Ir negrįžo…

1941 metų rudenį vokiečių okupacijos sąlygomis kun. Alfonsas Lipniūnas vėl ėmėsi atkurti pogrindines akademinio jaunimo ateitininkų organizacijas, bet neapsiribojo vien ateitininkais. Pogrindyje jis subūrė 27 studentų būrelius. O apskritai Vilniuje lietuvių nelegaliai veiklai aplinkybės buvo kur kas sunkesnės dėl specifinių tautinių sąlygų. Vokiečių okupacinė administracija visaip stengėsi sukiršinti lenkus su lietuviais.

Daugeliui Vilniaus gyventojų tais ne tik dvasiškai, bet ir materialiai itin sunkiais laikais labai padėjo kun. A. Lipniūno suorganizuota šalpa. 1941 metų vasarą jis įkūrė nelegalų Laisvės fondą. Vilniuje buvo renkami pinigai, o iš provincijos kaupiami maisto produktai. Jo vadovaujamas Laisvės fondas daug ką Vilniuje parėmė materialiai.

Lietuviškajame animaciniame pasipriešinimo judėjime gana ilgai stipriausiai reiškėsi krikščionių demokratų katalikiškoji srovė. Jos 1941 metais pogrindyje sukurto Lietuvių Fronto lyderiais buvo universiteto doc. Pranas Padalskis ir filosofas Antanas Maceina, su kuriuo Vilniuje
kun. A. Lipniūnas artimai bendravo. Pats kun. A, Lipniūnas buvo Lietuvių Fronto Vilniaus komiteto nariu. Tame komitete buvo ir Vilniaus kunigų seminarijos rektorius kun. L. Tulaba, o seminarijoje nuo 1942 metų rudens sociologiją bei pastoracinę teologiją dėstė kun. Alfonsas Lipniūnas. Jam Vilniaus arkivyskupas 1942 m. rugsėjo 7 d. suteikė Vilniaus kunigų seminarijos profesoriaus vardą.

Vokiečių okupacijos metais itin svarbu buvo išsaugoti gyvybines tautos jėgas. Ypač reikėjo išsaugoti jaunimą, išlaikyti jį Lietuvoje, kad lemiamu momentu jis galėtų stoti į ginkluotą kovą. Tad pogrindžio, o taip pat tirjame veikusio kun. A. Lipniūno svarbiausias uždavinys buvo kovoti prieš vokiečių skelbiamas karines ir darbo mobilizacijas. Tai buvo viena svarbiausių j o pamokslų temų. 1941-1942 metais, kol dar labai stigo lietuviškos pogrindžio spaudos, kun. Alfonso Lipniūno pamokslai turėjo didžiulės šviečiamosios ir organizacinės svarbos. Sekmadieniais į Sv. Jonų bažnyčią pasiklausyti jo pamokslų rinkdavosi net ir tie, kurie Šiaip jau Bažnyčiai buvo gana abejingi. Jo pamokslai taip pat padėjo ugdyti nepakantumą tautos išdavikams, – tiek bendradarbiaujantiems su naciais, tiek ir su sovietų agentais.

1943 metų pradžioje politinė atmosfera Lietuvoje vis labiau kaito, energingiau veikė pogrindis. Vis aštresni darėsi kun. A. Lipniūno pamokslai, vis labiau į juos įsiklausydavo Vilniaus visuomenės lietuviškoji dalis. Artėjo kun. A. Lipniūno intensyvios veiklos atomazga. Vokiečiai paskelbė eilinę Lietuvos jaunimo mobilizaciją į SS legioną. Pogrindis aiškino, kad visos tos mobilizacijos Lietuvoje neteisėtos. Jaunimas klausė to balso. Baigiantis vokiečių administracijos ultimatumo lietuviams dėl mobilizacijos terminui, vasario pabaigoje ar kovo
pradžioje Šv. Jonų bažnyčioje kun. A. Lipniūnas pasako paskutinį savo pamokslą laisvėje. Tas emocingas pamokslas buvo nukreiptas prieš nacius ir mobilizaciją. Naciai, keršydami už sužlugdytą mobilizaciją, 1943 metų naktį iš kovo 16 į 17 d. suėmė grupę lietuvių inteligentų. Buvo areštuotas ir kun. A. Lipniūnas. Areštuotieji buvo nuvežti į Tilžės gestapo kamerą. Kažkas iš vokiečių prasitarė, kad šie lietuviai būsią sušaudyti. Kun. A. Lipniūnas stiprino kalinių dvasią ir ėmė ruošti kankinio mirčiai: klausė išpažinčių, kas vakarą sakė pamokslus. Įkaitai buvo palikti gyvi, bet įkalinti Štuthofo koncentracijos stovykloje. Kun. A. Lipniūnui kartu su kitais teko patirti visus lagerio sunkumus: badą, alinantį ir neretai beprasmį fizinį darbą, režimo bukumą, patyčias (paprastai kunigams kliūdavo augiau). Toje nužmoginimo karuselėje fiziškai silpnas kalinys kun. A. Lipniūnas palaikė kalinių dvasią. Kiek įmanoma lagerio sąlygomis, dirbo kunigui būtiną sielovados darbą. Šiek tiek pasikeitus režimui, jis bendrauja su kitais kaliniais katalikais.

Lagerio kalinių daugumą sudarė lenkai. Gana greitai pasklido žinia, kad tarp lietuvių esama kunigų. Kun. A. Lipniūnas darė viską, kad katalikai pasijustu ne tik žmonėmis, bet ir tikinčiųjų bendrijos nariais. Netgi per atstumą klausė išpažinčių, teikė sakramentus. Kun. A. Lipniūno nelegali pastoracinė veikla Štuthofo konclageryje dvasiškai suartino lenkus su lietuviais. Kol kas nėra žinoma, ką Borisovo gestapo rūsiuose veikė kun. H. Hlebovičius, bet žinodami jį buvus išmintingą ir veržlų sielovadininką, galime lengvai rekonstruoti jo, kaip katalikų
kunigo, elgesį gestapo požemiuose. Katalikų kunigo misijos Rytuose niekuomet nebuvo lengvas dalykas.
1941 metų lapkričio 9 d. kun. H. Hlebovičius, patyręs tikėjimo ir patriotinio kankinio dalią, buvo sušaudytas prie Borisovo. Dabar jau nelabai svarbu, kas jį suėmė: gestapas ar vietinės gudų savivaldos policija. Aišku viena: naciams nepatiko nei jo sielovadinė, nei patriotinė veikla. Tai nacizmo teroro auka.

Kun. A. Lipniūnas sulaukė laisvės. Sulaukė būdamas tvirtos valios, bet jau lageryje susirgo dėmėtąja šiltine. Ligos eigą sukomplikavo plaučių uždegimas. Kartu su varomų į nežinią Štuthofo kalinių grupe jis nuo palydovų atsiskyrė Lenkijos pamaryje. Čia pasibaigė kankinio kelias. Mirė 1945 m. kovo 28 d. Pucke. Kun. A. Lipniūnas, lenkų vienuolėms padedant, buvo deramai krikščioniškai palaidotas, o po Atgimimo jo
palaikai sugrįžo į Panevėžio katedros šventorių. Daug metų Lietuva nieko nežinojo apie daugelį savo kankinių. Tarp tų nežinomų Lietuvai kankinių buvo kunigai profesoriai A. Lipniūnas ir H. Hlebovičius.