Ir štai atėjo 1947 m. sausio 27 d. – jau visas mėnuo, kai po kratų ir kelių nužmoginančių tardymų, pateikus kaltinimą nusižengus sovietiniams įstatymams, Kaišiadorių vyskupas Teofilius Matulionis kalinamas tamsiuose Vilniaus saugumo požemiuose. Jau trys savaitės, kai jis nevedamas į tardytojo kabinetą, tačiau supranta, kad kenčia už savo, kaip vyskupo, pareigų vykdymą. Kiek dar jis čia kentės tą panieką, tą atplėšimą nuo savo pareigų vyskupijos tikintiesiems, kokie nenumatyti išbandymai jo laukia? Vyskupas nesitiki nieko gero – juk jau daug žmonių Lietuvoje yra suimta, daug išžudyta, daug ištremta. Ir štai tos sausio 27-osios dienos vakare sargybinis atrakina kamerą ir vėl jį nuveda į tardytojo kabinetą. Anot tardymo protokolo, vyskupas buvo tardomas nuo 20 iki 24 valandos. Tardymas buvo tęsiamas net ir kitas dvi dienas. Tardė tas pats saugumo „specialistas“ vyr. leitenantas Golicynas.
Pirmieji sausio 27-ąją tardytojo pateikti klausimai buvo lyg ir „nekalti“: Golicynas vyskupo „pasiteirauja“, ar jis yra davęs dvasininkams nurodymus rinkti lėšas. Vyskupas nieko blogo negalvodamas po kelių minučių pripažįsta, kad pamena, jog 1944 metais išleido cirkuliarą Kaišiadorių vyskupijos kunigams, kad bažnyčiose rinktų lėšas išvežtųjų šeimoms. Saugumietis tai traktuoja kaip lėšų rinkimą „antisovietiškai nusiteikusiems asmenims ir liaudies priešams“. Matulionis pripažįsta, kad cirkuliaras leido Kaišiadorių vyskupijos kunigams rinkti lėšas nuteistųjų ir išvežtųjų į Sibirą šeimoms. Norėdamas visiškai palaužti „nusikaltėlį“, tardytojas parodo vyskupui dokumentą, paimtą kratos metu, ir klausia, ar šis 1944 m. gegužės 24 d. cirkuliaras Nr. 541, pasirašytas vyskupo Teofiliaus Matulionio ir kanclerio Stanislovo Kiškio, yra jo išleistas (prel. Stanislovas Kiškis 1939-1945 metais buvo Kaišiadorių vyskupijos kancleris, sovietų valdžios suimtas ir nuteistas du kartus: 1945 ir 1957 metais). Savaime suprantama, kaltinamasis neatsisako savo dokumento ir patikslina, kad cirkuliarą parašęs 1944 metų gegužės 24 dieną ir išsiuntęs jam pavaldžios Kaišiadorių vyskupijos kunigams. Tardytojas neatlyžta – jis pareikalauja nurodyti, kas „paskatino“ išleisti tokį „antisovietinį“ dokumentą. Vyskupas nesutrikdamas pasako, kad tai daryti paskatino religiniai krikščioniški įsitikinimai ir noras padėti nuo sovietų valdžios nukentėjusiųjų šeimoms. Kai saugumietis paklausia, kaip šis cirkuliaras buvo „įgyvendinamas praktiškai“, vyskupas sako, kad jam atsakyti sunku, nes asmeniškai nekontroliavo jo vykdymo. Tada tardytojas pareikalauja pasakyti, ar vyskupas sudarė „dėl antisovietinės veiklos nukentėjusių asmenų“ sąrašus, bet vyskupas paneigia tokias savo „užmačias“: nei jis pats, nei jam pavaldūs dvasininkai jo nurodymu tokių sąrašų nesudarydavo. Tada tardytojas Golicynas meta naują kaltinimo vyskupui „įrodymą“, esą „antisovietinės“ organizacijos – Tarpusavio pagalbos draugijos – paskatintas Matulionis rinko lėšas ištremtųjų šeimoms. Kaltinamasis atsakė, kad tokios draugijos veikloje tiesiogiai nedalyvavo, apie jos veiklą visiškai nežino, bet gali būti, kad cirkuliarą Nr. 541 dėl lėšų politinių kalinių ir išvežtųjų šeimoms rinkimo išleidęs, sužinojęs šios draugijos kreipimąsi, tačiau tiksliai to patvirtinti negalįs. Į kitą provokuojantį tardytojo klausimą vysk. Matulionis atsako, kad, be minėto cirkuliaro, kokių nors nurodymų dvasininkijai nebuvo davęs.
Sausio 28 dieną tardymas tęsėsi ilgai – net septynias valandas: pradėtas 10 valandą, o baigtas 17 valandą. Taip užrašyta protokole. Iš tardymo eigos galima suprasti, kad buvo bandoma įrodyti, jog vysk. Matulionis, katalikiška dvasia stiprindamas jaunimo organizacijas, „skatino“ antisovietinę veiklą. Pirmasis saugumiečio klausimas buvo pradėtas tuo, kad vyskupas pripažintų, jog jis davė nurodymus pavaldiems dvasininkams dėl jaunimo auklėjimo katalikiška dvasia. Į tardymo protokolą įrašyta, kad vyskupas pripažįsta, jog yra davęs jam pavaldiems dvasininkams nurodymus raštu ir žodžiu dėl vaikų ir jaunimo auklėjimo katalikiška dvasia „sustiprinimo“ (tai, matyt, – paties saugumiečio į protokolą įrašytas terminas, kad būtų sustiprintas „nusikaltimo“ įrodymas), dėstant tikybą bažnyčiose, tačiau kartu dar priduriama, kad tai buvo daroma stengiantis, jog „jaunuoliai, stojantys į komjaunimo ir pionierių organizacijas, neprarastų tikėjimo“, t.y. galima manyti, kad tardytojas keliais protokole aiškiai nenurodytais klausimais priverčia tardomąjį pripažinti, jog tas religinis jaunimo auklėjimas buvo siejamas su „antisovietine“ veikla, patariant nestoti į okupacinės valdžios sukurtas jaunimo organizacijas. Sulaukęs tokio „prisipažinimo“ iš MGB kalėjime uždaryto vyskupo, saugumietis tęsia toliau savo sugalvotą provokaciją, jo klausdamas, ar dėl to (t.y. dėl jaunimo auklėjimo katalikiškai) vyko Kaišiadorių kurijos darbuotojų pasitarimai. Vyskupas paaiškina, kad oficialių pasitarimų dėl jaunimo auklėjimo katalikiška dvasia sustiprinimo nebuvo, o buvo tik pasikeista nuomonėmis tarp Kaišiadorių kurijos darbuotojų. Tada saugumietis atskleidžia, kokį „stiprų“ įkaltį turi prieš vysk. Matulionį: jis esą „turi duomenų“, kad 1945 metų balandį buvo Kaišiadorių kurijos darbuotojų pasitarimas dėl jaunimo auklėjimo katalikiška dvasia. Tačiau tardomasis ramiai atsako, kad tada įvyko ne pasitarimas, o paprastas pasikeitimas nuomonėmis tarp Kaišiadorių kurijos darbuotojų: generalinio vikaro Labuko, kanclerio Kiškio, Kaišiadorių katedros vikaro Petkevičiaus ir jo, vysk. Matulionio. Tardytojo paklaustas, „kokią išvadą padarė apsvarstę šį klausimą“, tardomasis paaiškinęs, kad pasikeitę nuomonėmis dėl vaikų ir jaunimo auklėjimo katalikiška dvasia, susirinkusieji dvasininkai padarė išvadą, kad „Katalikų Bažnyčia griežtai draudžia vaikams ir jaunuoliams priklausyti bet kokiai antireliginei organizacijai, nes tokios organizacijos kelia grėsmę augančios kartos tikėjimui ir dorai“, todėl Katalikų Bažnyčia negali sutikti su tuo, kad tikintieji, taip pat tikinčių tėvų vaikai priklausytų tokioms organizacijoms, kurių nariams, be kitų pareigų, „privaloma kovoti su religiniais prietarais“. Juk aišku, kad pagal Katalikų Bažnyčios mokymą „nusikalsta kiekvienas, kuris sąmoningai ir laisva valia įsirašo į antireliginę organizaciją, kas leidžia įstoti į antireligines organizacijas savo globotiniams arba kokiu nors būdu daro įtaką šia linkme“, – tokie tardomojo aiškinimai užrašyti tardymo protokole. Atsakydamas į kitą tardytojo klausimą, Matulionis aiškino, kad tame pokalbyje kunigai Kiškis ir Petkevičius pasisakė už tai, kad bažnyčiose būtų paskelbta apie Katalikų Bažnyčios draudimą tikinčiųjų vaikams stoti į antireligines organizacijas (komjaunimą ir pionierius), o tėvus įspėti, kad jie atsakingi už savo vaikus, stojančius į jas. Vyskupas ir Labukas pasisakė prieš tokį pasiūlymą. Vėliau vysk. Matulionis klausimą bandė spręsti oficialiu būdu, 1945 metų balandį rašydamas laišką Lietuvos SSR Švietimo ministrui. Toks atsakymas leido saugumiečiui toliau kaltinti Matulionį, esą jam pavaldūs kunigai bažnyčiose atvirai skelbė, kad Katalikų Bažnyčia draudžia tikinčiųjų vaikams stoti į antireligines – komjaunimo ir pionierių – organizacijas, kad komjaunuolių ir pionierių tėvai už tai atsakingi prieš bažnyčią ir t.t. Golicynas klausė: „Ar davėte dėl to nurodymus kunigams?“ Matulionis aiškino, kad žino, jog 1945 metų balandį Kaišiadorių katedroje taip kalbėjo kunigai Kiškis ir Petkevičius, tačiau tam leidimo jiems nedavęs, jie veikė savarankiškai, kunigams už tokias kalbas nepriekaištavęs, nes jie tai darė vedini tik religinių paskatų. Klausiamas, iš kur tai žino, Matulionis sakė, kad pažįsta kunigus Kiškį ir Petkevičių kaip idealius dvasininkus, pavyzdingai vykdančius savo religines pareigas, tik gal dėl karšto temperamento jie ne visada visapusiškai apsvarstydavo savo veiksmus. Pamatęs, kad vyskupas gina savo kunigus, tardytojas užsipuolė jį patį, ar galintis nurodyti savo laiške Lietuvos SSR Švietimo ministrui minimus faktus, kad kai kur mokyklų vadovai, mokytojai ir komsorgai apgaule ir netgi grasinimais užrašo tikinčiųjų vaikus į pionierių ir komjaunimo organizacijas. Matulionis atsakė, kad nepaisant to, kad asmeniškai tokių faktų nežinantis, apie tokius prievartos faktus jį žodžiu ir raštu informuodavo kai kurie klebonai, tačiau pasakyti jų pavardžių negalintis, nes šiuo metu neprisimena. Tardytojas puolė įrodyti, kad vyskupas veikė antisovietiškai, neleisdamas tikinčiųjų vaikams įsitraukti į sovietines organizacijas, vėl provokuodamas: „Ar tikrinote faktus apie tariamai prievartinį tikinčiųjų vaikų įtraukimą į pionierių ir komjaunimo organizacijas?“ Kai vysk. Matulionis vėl atsako, kad tų faktų netikrinęs, saugumietis pareikalauja paaiškinti, kodėl pagal asmeniškai nežinomus ir nepatikrintus faktus rašė savo laiške apie prievartinį tikinčiųjų vaikų įtraukimą į pionierių ir komjaunimo organizacijas. Tardomasis atsako, jog manydamas, kad kunigai jam, kaip vyskupui, pranešdavo tik apie patikrintus ir iš tikrųjų buvusius atvejus, ir būdamas tuo tikras, jis ir parašęs apie tai laiške Lietuvos SSR Švietimo ministrui. Ir dar kartą patikina, kad buvo tikras, jog faktų, apie kuriuos jam pranešdavo pavaldūs kunigai, buvo, nes tada ir nebūtų apie tai rašęs oficialiame laiške. Tačiau saugumietis vis vien stengiasi paveikti vyskupą, kad jis, nenurodydamas savo laiške nė vieno konkretaus fakto apie prievartinį vaikų įtraukimą į pionierius ir komjaunimą, darė nusikaltimą. Matulionis tai paaiškina paprastai: jis nenorėjęs statyti į keblią padėtį tų asmenų, kurie ne taip traktavo komjaunimo ir pionierių organizacijų nuostatus dėl naujų narių įtraukimo, taip pat tų dvasininkų, kurie jam pranešdavo apie tuos faktus. Ir vėl patikina saugumietį, kad rašydamas laišką turėjo konkrečių faktų. Tardymo pabaigoje saugumietis pareikalauja pasakyti, kur šiuo metu yra kunigas Petkevičius. Tardomasis atsakė, kad po to, kai bažnyčioje paskelbė apie Katalikų Bažnyčios draudimą tikinčiųjų vaikams stoti į antireligines komjaunimo ir pionierių organizacijas ir apie tėvų atsakomybę už tai prieš Bažnyčią, kun. Petkevičius paprašė vyskupo neterminuotų atostogų dėl blogos sveikatos. 1945 metų balandžio pabaigoje davęs kunigui atostogas ir nuo tada jo nebuvo susitikęs ir, kur jis yra šiuo metu, nežinantis. Golicynas įtariai paklausė, argi Petkevičius ne dėl to, kad galėtų išvengti galimo suėmimo, prašė atostogų, o vyskupas dėl to ir davė. Matulionis pasakė, kad kun. Petkevičius galbūt ir bijojo sovietų valdžios organų arešto, ir vyskupas, norėdamas padėti jam išvengti suėmimo, dėl kunigų trūkumo vyskupijoje išleido kun. Petkevičių atostogų, tačiau detaliai pokalbio su juo neprisimena. Taip baigėsi sausio 28 dieną septynias valandas tęsęsis tardymas. Galima padaryti išvadą, kad tokio ilgo tardymo metu buvo užduota žymiai daugiau klausimų (ypač „patikslinančių“), nes sprendžiant pagal protokole surašytus klausimus ir atsakymus, jų trukmė būtų buvusi žymiai trumpesnė, tad per 7 valandas besitęsusį tardymą buvo žymiai įžūliau ir žiauriau reikalaujama iš vysk. T. Matulionio pripažinti savo „kaltę“.
Sausio 29 dieną tardymas tęsėsi nuo 12 valandos iki 17 valandos. Jis prasidėjo aiškiai politiniais kaltinimais. Buvo „aiškinamasi“, kodėl vysk. Matulionis nepritarė tikinčiųjų laiškui draugui Stalinui. Golicynas pagrasino, kad saugumas „turi duomenų“ (tai buvo jau įprasta bauginimo taktika šiame tardyme) apie tai, jog vysk. Matulionis „draudė dvasininkams pasirašyti laišką drg. Stalinui ryšium su sovietų valdžios penkmečiu Lietuvoje“ ir davė nurodymą, kad dvasininkai ragintų tikinčiuosius nepasirašyti šio laiško. Saugumietis įsakmiai klausė: „Ar pripažįstate tą savo nusikaltimą?“ Tardomasis paaiškino, kad 1945 metų liepą Kaišiadorių valsčiaus partorgas su dar trim ar keturiais žmonėmis, kurių pavardžių nežinantis, surengė Kaišiadorių kurijos darbuotojų susirinkimą dėl laiško Stalinui siuntimo. Šiame susirinkime, kuriame dalyvavo 6-7 kurijos darbuotojai, iš dvasininkų buvo tik jis, Matulionis. Kai laiškas „drg. Stalinui“ buvo perskaitytas, siūlant visiems dalyvavusiems jį pasirašyti, vyskupas atsisakęs, motyvuodamas tuo, kad dvasininkija nesikiša į politinius reikalus. Kiti lietuvių tautybės kurijos darbuotojai laiško taip pat nepasirašė, tai padarė tik du rusų tautybės kurijos darbuotojai (įdomus ir intriguojantis atvejis, kai kurijoje buvo įdarbinti du rusai, kurie tikriausiai nebuvo katalikai, – tai rodo, jog „drg. Stalino“ režimas visiškai neteisėtai kišosi net į bažnytinių struktūrų sudarymą). Tardomasis aiškino, kad dvasininkams pasirašyti „laišką drg. Stalinui“ jis nedraudęs, bet nenurodęs kunigams raginti tikinčiuosius jo nepasirašyti. O tai, kad „kai kurie kiti“ dvasininkai irgi nepasirašė tokio laiško, galbūt jie rėmėsi tuo, jog vysk. Matulionis buvo davęs bendrą nurodymą nesikišti į politinių klausimų sprendimą ir per Bažnyčią nevykdyti jokių sovietų valdžios priemonių, ir interpretavo tai kaip draudimą pasirašyti ir „laišką drg. Stalinui“. Tardomasis dar pakartojo, kad jokių nurodymų kunigams, kaip jie turi elgtis vienokiu ar kitokiu politinių kampanijų vykdymo metu, atskirai nedavęs, davęs tik bendrą nurodymą nesikišti į politiką ir Bažnyčią naudoti tik Kristaus mokymui propaguoti. Tačiau saugumietis, matyt, remdamasis agentų pranešimais, teigė, jog kai kurie kunigai, patys nepasirašę laiško, ragino to nedaryti ir tikinčiuosius, esą remdamiesi tuo, kad Matulionis, kaip vyskupas, jiems tai uždraudė. Kaltinamasis pabrėžė, kad tai netiesa: jis su niekuo iš kunigų netgi nekalbėjęs, kaip jie turėtų elgtis renkant parašus laiškui.
Matyt, nusprendęs, jog vysk. Matulionio kaltė „trukdant“ rašyti „laišką drg. Stalinui“ jau yra įrodyta, Golicynas perėjo prie kito kaltinimo, esą tardomasis rinkimų į SSRS Aukščiausiąją Tarybą metu uždraudė dvasininkams dalyvauti balsuojant ir skaityti tuo klausimu skelbimus bažnyčiose, to paprašius sovietų valdžios organams. Vysk. Matulionis paaiškino: jeigu kunigai kreipdavosi į jį dėl dalyvavimo rinkimuose, jis jiems sakydavęs, kad tai – jų asmeninis reikalas. Kartu jis išdėstė Katalikų Bažnyčios kanoninę teisę, pagal kurią neleidžiama katalikams rinkimuose balsuoti už kandidatus, kurie dirba antireliginį darbą. „Jeigu man pavaldūs kunigai atsisakydavo raginti bažnyčiose tikinčiuosius dalyvauti rinkimuose į SSRS Aukščiausiąją Tarybą, turbūt jie vadovavosi mano bendru nurodymu nenaudoti Bažnyčios vykdyti vienokias ar kitokias sovietų valdžios priemones. Tiesioginio nurodymo kunigams, kad jie, prašomi sovietų valdžios organų, atsisakytų skelbti informaciją rinkimų klausimu, aš nedaviau“, – Bažnyčios kanoninės teisės nesuprantančiam saugumiečiui aiškino tardomasis. Tardytojas pasiteiravo, ar buvo atvejų, kai kunigai kreipėsi į vyskupą, prašydami leidimo kreiptis į tikinčiuosius bažnyčiose ir raginti juos dalyvauti deputatų į SSRS Aukščiausiąją Tarybą rinkimuose ir ar vyskupas leisdavo tai daryti. Kadangi tardomasis pasakė, kad tokių atvejų nepamenantis, saugumietis klausė, ar buvo atvejų, kai kunigai tikintiesiems skaitydavo bažnyčiose politinio pobūdžio atsišaukimus be vyskupo leidimo. Vyskupui paaiškinus, kad buvo kokie trys ar keturi atvejai, kai kunigai, priešingai jo nurodymams, iš sakyklos kalbėdavo prievolių valstybei vykdymo klausimu, bet nepamenantis, kokiose parapijose tai buvo, sekė apgaulingas tardytojo klausimas, kokių priemonių prieš tuos „nepaklusnius“ kunigus vyskupas ėmėsi. Tardomasis atsakęs, kad tų kunigų, pažeidusių jo nurodymus, nebuvo sutikęs, tačiau, jeigu būtų tekę juos sutikti, jis, be abejonės, būtų juos įspėjęs dėl jo, kaip vyskupo, nurodymų nevykdymo.
Tardyme buvo padaryta vienos dienos pertrauka, po kurios prasidėjo dar įžūlesni kaltinimai vyskupui Teofiliui Matulioniui.