Paskutinė 1947 metų sausio diena Kaišiadorių vyskupui Teofiliui Matulioniui buvo gal viena iš nemaloniausių visame tardyme: buvo kaltinamas ne jis pats asmeniškai ar jam pavaldūs kunigai, kaip „nusikaltę“ okupacinei sovietų valdžiai, bet buvo puolamas ir įžeidinėjamas popiežius ir Vatikanas, esą vykdę kažkokį suokalbį prieš SSRS. Tardymas prasidėjo vėlai, 22 valandą, o baigėsi 24 valandą.
Kaltinimų nepagrįstumą galima pamatyti iš pirmo klausimo, užrašyto protokole. Jis suformuluotas taip: „Kokias užduotis iš Vatikano Jūs gavote vokiečių okupacijos metais?“ Vyskupas pagrįstai atsakė, kad iš Vatikano apskritai niekada nėra gavęs užduočių. Ir paaiškino: „1944 metų pradžioje ar 1943 metų rudenį, tiksliai nepamenu, aš parašiau prašymą Pijui XII, kad jis leistų pasiųsti dvasininkus į Leningrado sritį tikinčiųjų katalikų dvasiniam aptarnavimui. Šį prašymą atidaviau Kauno arkivyskupo Skvirecko kanceliarijai, kad jis būtų perduotas į Vatikaną. Kiek aš žinau, ryšys su Vatikanu buvo palaikomas per Vatikano atstovą Berlyne, kurio pavardės neprisimenu“. Į kitą klausimą vysk. T. Matulionis trumpai pasakė, kad Popiežius jam leidęs pasiųsti dvasininkus į vokiečių okupuotą Sovietų Sąjungos teritoriją. Saugumietis Golicynas, siekdamas įteigti suokalbį, paklausė, „kokius dar specialius nurodymus“ gavo iš Pijaus XII. Matulionis paneigė gavęs kokius nors specialius nurodymus: „Pijus XII davė tik leidimą pasiųsti dvasininkus, o kokių nors specialių nurodymų nebuvo“. Tada saugumietis prikibo, kaip praktiškai vyskupas „įgyvendino“ Pijaus XII leidimą dėl dvasininkų. Matulionis aiškino: „Gavęs leidimą pasiųsti dvasininkus į vokiečių okupuotą Sovietų Sąjungos teritoriją, kreipiausi į vokiečių okupacinę valdžią Rygoje ir Minske, prašydamas leidimo kunigams įvažiuoti į Leningrado ir Minsko sritis. Mano prašymas buvo atmestas, motyvuojant tuo, kad jis buvo pateiktas netinkamu laiku“. Tada saugumietis „pasiteiravo“, ar būtent vysk. Matulionis buvo atrinkęs kunigus, kuriuos planavo siųsti į vokiečių okupuotas sritis. Į tai tardomasis atsakė, kad nebuvo jų atrinkęs, atliko tik parengiamąjį darbą. „Kokį darbą?“ – teiravosi saugumietis. Vyskupas atsakė trumpai, bet aiškiai: „Aš užsakiau pasiūti bažnytinius rūbus maždaug vienuolikai kunigų“. Tačiau saugumiečiui knietėjo išsiaiškinti „nusikaltimo“ su bažnytiniais rūbais esmę: „Kur padėjote tuos rūbus?“ Sulaukęs atsakymo, kad vyskupas rūbus išdalinęs parapijoms, kurioms labiausiai jų reikėjo, saugumietis dar norėjo įpainioti į pinkles, ar vyskupas tikrai nepasiuntė nė vieno kunigo į Leningrado ir Minsko sritis. Bet Matulionis patvirtino, kad atsakė teisingai. Saugumietis nenustojo kelti klastingų klausimų ir teiravosi, ar, be jau minėto susisiekimo su Vatikanu, vyskupas neturėjo kokių nors kitų santykių. Matulionis turėjo vėl aiškinti saugumiečiui savo vyskupiškas pareigas, kad apie 1944 metų gegužės ar birželio mėnesį išsiuntęs ataskaitą Vatikanui apie Kauno kunigų seminarijos klierikus ir dėstytojus iš Kaišiadorių vyskupijos. Matyt, iš agentų pranešimų ar kratos duomenų turėdamas kažkokių įkalčių, saugumietis pareikalavo pasakyti, ką vyskupas dar rašė savo ataskaitoje, o sulaukęs atsakymo, kad ataskaitoje daugiau nieko nerašęs, įtariai pasiteiravo: „O ar taip buvo iš tikrųjų?“ Tačiau Matulionis atsakė, kad kiek pamena, daugiau jokių žinių Vatikanui neperdavęs. Toks atsakymas netenkino saugumiečio, ir jis reikalavo pasakyti, gal kiti vyskupai kreipėsi į Vatikaną prašygami leisti pasiųsti dvasininkų į vokiečių okupuotas Sovietų Sąjungos sritis, o sulaukęs atsakymo, kad tardomasis žino, jog to nebuvo, jau lyg kaltindamas vysk. Matulionį paklausė, kodėl jis kreipėsi į Vatikaną su tokiu prašymu. Ir Matulionis, paaiškino, kad taip darė dėl labai paprasto dalyko – jis buvo tuo suinteresuotas, nes iki 1943 metų, kai perėmė Kaišiadorių vyskupiją, formaliai buvęs Leningrado Apaštalinio vikariato vyskupu, gerai žinojęs Leningrado srities katalikų dvasinius poreikius, todėl, norėdamas patenkinti katalikų dvasinius poreikius, ir kreipėsi į Vatikaną su tokiu prašymu. Tačiau tokiu atsakymu sukėlęs naują saugumiečio įtarimą, kokių kitų tikslų vyskupas „siekė“, siųsdamas dvasininkus „į vokiečių okupuotas Sovietų Sąjungos sritis“. Kadangi vyskupas paneigė turėjęs kokius nors kitus tikslus, saugumietis kvotė, ar vyskupas kalbėjosi su kunigais, numatytais šiai misijai, tačiau Matulionis paaiškinęs, kad kandidatų šiai misijai dar nebuvo parinkęs, bet galbūt su kuo nors iš kunigų apie tai kalbėjęs, nes tai buvo daroma visiškai atvirai. Tuo tardymas baigėsi, neatskleidus kokių nors sunkių vysk. Matulionio ir popiežiaus Pijaus XII „nusikaltimų“. Bet saugumiečiui tai nebuvo svarbu – jis kaltinimus jau „suradęs“ ir už juos nubausiąs sovietų valdžios vardu.
1947 m. vasario 1 d. tardymas tęsėsi toliau. Tiesa, šįkart jis buvo „dieninis“ – pradėtas 14 valandą, baigtas 17 valandą, tačiau prasidėjo sunkiais kaltinimais „antisovietine“ veikla vokiečių okupacijos metais, kai žmonėms buvo pateikti duomenys apie trėmimus. Tardytojas siekė priversti Matulionį prisipažinti, kad jis esą ”davė nurodymus“ vyskupijos dvasininkams rinkti duomenis apie sovietų valdžios trėmimus ir šaudymus 1940-1941 metais, taip „siekdamas diskredituoti“ sovietų valdžią ir jos vadovus (tikriausiai, buvo norima nuteikti, kad kaltinamasis tai darė netgi prieš Staliną). Matulionis atsakė, kad tokių nurodymų nedavęs. Tada saugumietis pareikalavo nurodyti, kas Kaišiadorių vyskupijoje davė tokius nurodymus. Vyskupas paaiškino, kad negali tiksliai atsakyti į šį klausimą, nes vyskupiją valdyti pradėjęs tik 1943 metų gegužę, o tuo laiku duomenys apie sovietines represijas jau buvo surinkti. Tačiau saugumietis vis vien reikalavo pasakyti, kas „rinko duomenis“. Tardomasis atsakė, kad duomenis galbūt rinko Kaišiadorių vyskupijos kunigai, tačiau kas davė tam nurodymą – ar vyskupas Kukta (jis buvo Kaišiadorių vyskupijos ordinaras nuo 1926 metų), ar generalinis vikaras Labukas – tiksliai nežinantis, o to dokumento neskaitęs. Tada saugumietis pasidomėjo, ar iš viso yra skaitęs tuos duomenis. Tardomasis atsakė, kad gal 1944 metų pradžioje susipažino su „duomenimis“ apie „sovietų valdžios organų veiklą“ (NKVD vykdytus Lietuvos piliečių trėmimus ir suėmimus) 1940-1941 metais Kaišiadorių vyskupijos parapijų teritorijoje. Anot surašyto protokolo, Matulionis esą sakė, kad tie duomenys buvo apibendrinti atskiru rankraščiu, išspausdintu mašinėle. Saugumietis toliau tardė, kaip vadinosi rankraštis. Sulaukęs atsakymo, kad vyskupas neprisimena dokumento pavadinimo, tardytojas reikalavo pasakyti, apie ką buvo rašoma rankraštyje. Tardomas vyskupas drąsiai pasakė, kad ten buvo rašoma „apie bolševikų veiklą Kaišiadorių vyskupijos teritorijoje, būtent: bažnyčių naikinimą, nužudytus kunigus, bolševikų antireliginę propagandą ir kitus klausimus“. Nors pripažindamas, kad rankraštis buvo antitarybinis, vyskupas apibūdino dokumento parašymo toną santūriu, „be aštrių šmeižikiškų išpuolių prieš sovietų valdžią“. Aiškindamas, kad nėra susipažinęs su duomenimis, pagal kuriuos buvo parašytas rankraštis, ir jų autorių nežinantis, Matulionis vengė tiksliai nurodyti, kas jam davė „antitarybinį rankraštį“ – gal generalinis vikaras Labukas, gal kancleris Kiškis. Vengė atsakyti ir į tai, kas buvo rankraščio autorius ir kas jį išspausdino mašinėle *- gal Kiškis arba Labukas. Pareikalavus paaiškinti, kokią nuomonę vysk. Matulionis pareiškė apie rankraštį, tardomasis atsakė, kad „antisovietinį“ rankraštį turėjęs kelias dienas, paskiau grąžinęs į kurijos kanceliariją Kiškiui, nepareikšdamas jokios ypatingos nuomonės, nes jame išdėstyti faktai jam buvo nežinomi, nebandęs jų tikrinti, kadangi jie buvo renkami ne jo pavedimu ir rašomi jam nedalyvaujant. Matyt, turėdamas kokių nors duomenų, jog pagal šį rankraštį buvo planuota išleisti knygą, saugumietis reikalavo pasakyti, ar apie tai vyskupas kalbėjosi su Labuku ir Kiškiu, tačiau tardomasis sakė neprisimenantis jokio pokalbio apie tai. Tada tardytojas klausė, kur yra saugomas rankraštis, tačiau Matulionis sakė grąžinęs jį į kurijos kanceliariją ir daugiau jo nebematęs. Saugumietis norėjo iškvosti tardomąjį, koks buvo autorių, „parašiusių šią antisovietinę brošiūrą“, tikslas. Vysk. Matulionis be jokio išsisukinėjimo paaiškino, kad „antisovietinio“ rankraščio „tikslas„ buvo istorinių faktų įamžinimas ir tikėjimo sustiprinimas tarp tikinčiųjų lietuvių, nors tikrųjų rankraščio autorių tikslų nežinantis. Tardytojas norėjo sužinoti, ar po vokiečių išvijimo iš Lietuvos SSR Kiškis ir Labukas ką nors sakė vyskupui apie šį rankraštį, bet Matulionis sakė, kad su jais apie rankraštį nesikalbėjęs. Saugumietis dar pasiteiravo, ar po vokiečių išvijimo vyskupas sunaikino kokius nors kurijoje saugotus dokumentus ir ar davė dėl to nurodymus dvasininkams, tačiau tardomasis atsakė, kad jokių dokumentų nenaikinęs ir nurodymų dvasininkams tuo klausimu nedavęs. Tuo baigėsi tris valandas tęsęsis tardymas.
Kitą dieną tardymas, prasidėjęs ryte 10 valandą, tęsėsi žymiai ilgiau – net 7 valandas. Saugumietis norėjo išgauti kaltinamojo prisipažinimus, kokiems kunigams jis leido „pasislėpti“ nuo galimų areštų. Tardytojas pradėjo nuo reikalavimo pasakyti, kam iš kunigų, „bijojusių“ suėmimo, vyskupas suteikė „neribotas atostogas“ arba dėl to perkėlė juos iš vienos tarnybos vietos į kitą. Vysk. Matulionis prisipažino, kad buvo du atvejai, kai suteikė atostogas kunigams Petkevičiui (apie kurį jau pasakojęs ankstesniame tardyme l947 m. sausio 28 d.) ir Šatui (Adolfui ar Alfonsui, tiksliau vardo nežinantis). Tardytojas pareikalavo pasakyti, dėl ko vyskupas davė atostogas kunigui Šatui, tardomasis paaiškino: „1945 metų vasarą kunigas Šatas (kokioje parapijoje tuo metu jis dirbo, nepamenu) atvažiavo į kuriją ir pranešė man, kad pas jį į butą buvo atėję du ginkluoti asmenys, pareikalavo parodyti dokumentus, o paskui pasiūlė eiti kartu su jais. Vedamas Šatas nuo šių asmenų pabėgo, bėgant į jį buvo paleisti keli šūviai, jam net buvo peršautas batas. Aš pasiūliau Šatui apie šį įvykį parašyti man raportą, ką jis ir padarė. Raporte Šatas prašė duoti jam atostogas ir atleisti iš klebono pareigų, paskirti vikaru į kokią nors parapiją. Po to Šatas dirbo keliose parapijose vikaru. Paskutinė jo darbo vieta buvo Trakų apskrities Žilinų kaimas, kur jis buvo bažnyčios klebonu. Šią vietą jis užėmė po to, kai 1946 m. spalio mėnesį sovietų valdžios organai suėmė kunigą Donatą Linartą. Tuo metu Šatui buvau davęs ilgalaikes atostogas, tačiau paprašiau laikinai eiti Žilinų bažnyčios klebono pareigas, su kuo jis sutiko. Minėtoje bažnyčioje Šatas dirbo kiek daugiau nei mėnesį, o paskui išvyko nežinoma man kryptimi. Kur šiuo metu yra Šatas, aš nežinau“. Paklaustas, ar Šatas pasakojęs, dėl kokių priežasčių baiminosi arešto, tardomasis atsakė, kad Šatas jam daugiau nieko nesakęs, ir todėl nežinąs, koks pavojus jam grėsė. Tada tardytojas siekė iškvosti, ar vyskupas tik kunigams Petkevičiui ir Šautui davė atostogų. Į tai tardomasis atsakė, kad, kiek pamena, tik jiems. Jis aiškino, kad kunigai iš vienos darbo vietos į kitą buvo perkeliami gana dažnai, tačiau ne dėl to, kad būtų padėta jiems išvengti sovietų valdžios organų suėmimo.
Po vienos dienos pertraukos vysk. Matulionis, jau bebaigiantis 74-uosius metus, buvo kankinamas vėlyvu metu – vasario 4 dieną tardyti nuvestas 21 valandą ir tardytas iki pat vidurnakčio. Šį kartą klausimai sukosi apie jo „nusikalstamas“ veikas, susitinkant su Lietuvos inteligentais, garbingais asmenimis. Pirmuoju klausimu vyskupas buvo verčiamas prisipažinti, ką darė nusikalstamai prieš sovietų valdžią susitikdamas su žmonėmis iš Vilniaus ar Kauno. Tardomasis pripažino, kad 1945 metais pas jį Kaišiadoryse buvo dvi moterys iš Vilniaus – Ladygienė ir Juodišienė – ir gal tris kartus Žostautaitė iš Kauno. Saugumietis iš karto pradėjo kvosti apie paminėtas moteris, kur su jomis susipažino ir kokiu tikslu jos lankėsi. Tai buvo patyrusios sovietų valdžios žiaurumą vilnietės dėl savo vyrų. J. Juodišius buvo Lietuvos armijos generolas, sovietų valdžios suimtas 1941 metais, Matulionio tardymo metu buvęs įkalintas lageryje, vėliau, 1950 metais miręs ypatingajame Abezės lageryje. K. Ladyga, kaip Lietuvos armijos generolas, sovietų valdžios buvo sušaudytas 1941 metais. Žinodamas, kad net susitikti su represuotais lietuviais sovietų valdžiai reiškia nusikaltimą, ir, vengdamas nurodyti, kas buvo iš Vilniaus atvykusios moterys, Matulionis atsakė: „Su Ladygiene, kurios vardo ir tėvo vardo nežinau, ji yra apie 50 metų, susipažinau Vilniuje apie 1944 metus, kai dalyvavau vyskupo Reinio šešiasdešimtmečio minėjime. Jos vyro giminaitis kunigas Ladyga iki 1933 metų gyveno Sovietų Sąjungoje, dirbo kunigu Žitomiro vyskupijoje, buvo areštuotas, dėl ko, nežinau, o 1933 metais kartu su manimi buvo iškeistas į politinius kalinius iš Lietuvos. 1937 ar 1938 metais Ladyga mirė. Kur Ladygienė dirbo ir ką veikė anksčiau ir dabar, nežinau, artimai su ja pažįstamas nebuvau. Su Juodišiene, vardo ir tėvo vardo nežinau, apie 45-50 metų, susipažinau apie 1944 metus, irgi vyskupo Reinio šešiasdešimtmečio minėjime. Juodišienės profesija man nežinoma, ką ji dirbo ir dirba, aš taip pat nežinau, tik žinau, kad ji gyvena Vilniuje, adreso nežinau. Su Žostautaite, kurios vardo ir tėvo vardo nežinau, turinti apie 50 metų, susipažinau apie 1937 metus Kaune, tuo metu ji buvo moterų amatų mokyklos, įsteigtos prie Kūdikėlio Jėzaus draugijos, vedėja. Paskutiniu metu Žostautaitė, atrodo, dirbo dėstytoja Pedagoginiame institute Vilniuje ar Kaune. Su šiomis moterimis aš nebuvau artimai pažįstamas. Kokių nors specialių susitikimų su jomis neturėjau, susitikimai buvo grynai atsitiktiniai. Kiek prisimenu, Ladygienė ir Juodišienė 1945 metais aplankė mane, važiuodamos pro šalį ir mano bute keletą valandų laukė traukinio. Kaišiadoryse gyvena Žostautaitės giminaitė ar pažįstama, tiksliai nežinau, kartais pas ją atvažiuodavo, kartu aplankydavo ir mane“. Saugumietis, vyskupo susitikimą su moterimis įvertinęs kaip nusikaltimą, paklausė, ar jos buvo kartu jo bute. Matulionis atsakė, kad gali būti, jog Ladygienei ir Juodišienei būnant jo bute tą vieną kartą, tuo metu su jomis buvo ir Žostautaitė. Tada saugumietis Golicynas jau pareikalavo pasakyti, ar Matulionis pažįsta Ladygienės ir Juodišienės vyrus. Tardomasis turėjo prisipažinti, kad iš moterų žodžių jam žinoma, jog jų vyrai buvo Lietuvos armijos kariškiai, generolai ar pulkininkai, 1940 metais jie buvo išvežti į „tolimuosius Sovietų Sąjungos rajonus“, tačiau asmeniškai jų nepažįsta. Moterys jam sakiusios, kad apie jų „buvimo vietą“ duomenų nėra. Saugumietis pareikalavo papasakoti smulkiai apie susitikimą su moterimis. Kaltinamasis atsakė, kad susitikimo su Ladygiene, Juodišiene ir Žostautaite metu pokalbių turinio neprisimena, bet gerai pamena, kad jie nebuvo dalykinio pobūdžio. Saugumietis paklausė, kas dar dalyvavo tame susitikime. Tardomasis paminėjo, kad geriant arbatą galbūt buvo ir generalinis vikaras Labukas. Saugumietis įtariai klausė: „O argi pokalbių politinėmis temomis šio susitikimo metu nebuvo?“ Matulaitis sakė: „Gerai neprisimenu, bet man rodos, kad ne tik su šiomis moterimis, bet ir su kitais asmenimis pokalbių politinėmis temomis aš vengdavau“. Saugumietis netgi paklausė, gal jis pasakojo antisovietinio turinio anekdotus. Tačiau kaltinamasis atsakė, kad moterims politinių antisovietinių anekdotų nepasakojęs.
Ir papasakojo, kas nutiko 1945 metų vasarą, kai jį aplankęs TASS korespondentas, kuris sakęs, jog lietuvių laikraščiuose, leidžiamuose Amerikoje, esą pasirodė pranešimų, jog vyskupas Matulionis sovietų valdžios organų areštuotas ir su juo šiurkščiai elgiamasi. Kaltinamasis aiškino: „Korespondentas man pareiškė, kad jis turi užduotį iš Maskvos parašyti paneigimą šiam šmeižikiškam pranešimui ir prašė mane jį parašyti. Aš pasiūliau korespondentui, kurio pavardės nežinau, bet jis buvo atvykęs iš Vilniaus, pačiam parašyti paneigimą. Susitikimo metu TASS korespondentas man papasakojo anekdotą apie tai, kaip žydai žiūri į sovietų valdžią. Šį anekdotą generaliniam vikarui Labukui ir pas mane su reikalais atvykusiam religinių kultų reikalų tarnybos prie SSRS Ministrų Tarybos atstovui aš perpasakojau 1946 metų pradžioje Kaišiadorių kurijos priimamajame. Kitų atvejų, kad aš būčiau pasakojęs anekdotus, neprisimenu“. Tada saugumietis pareikalavo atsakyti, ar buvo atvejų, kai vyskupo bute, dalyvaujant keliems asmenims, būtų skaitomi laikraščiai, leidžiami antisovietinio pogrindžio. Matulionis paneigė tokią versiją. Sekė jau „tikslesnis“ klausimas: „Ar skaitėte antisovietinę literatūrą kartu su Labuku ir Kiškiu?“ Vyskupas atsakė, neprisimenantis, bet, atrodo, kad neskaitęs.
Iki vidurnakčio tęsęsis vyskupo T. Matulionio tardymas tą dieną baigėsi, bet buvo pratęstas po dviejų dienų dar sunkesniais kaltinimais.