Po tardymų 1946 m. gruodžio 27 ir 28 d. sovietų okupuotos Lietuvos Vilniaus saugumo požemiuose nugramzdintas Kaišiadorių vyskupas Teofilius Matulionis tęsė kančias ir 1947 metų pradžioje. Jo tardymas 1947 metais pradėtas sausio 3 dieną 14 valandą, o baigtas 17 valandą. Bet tik sąlyginai, nes po tą dieną jam pateikto kaltinimo jis vėl buvo tardomas (protokole nenurodant laiko). Tardoma daugiausia buvo dėl vyskupų pasitarimo, kurį tardytojas Golicynas pavadino nelegaliu.
Pirmasis klausimas iškart buvo kaltinamojo pobūdžio: „Mes turime duomenų, kad jūs dalyvavote nelegaliuose vyskupų pasitarimuose“. Tą kaltinimą vysk. Matulionis griežtai paneigė: „Apie nelegalius vyskupų pasitarimus nieko nežinau“. Tada Golicynas paklausė užuolankomis, neminėdamas nelegalaus pasitarimų pobūdžio: „Ar po vokiečių okupantų išvijimo iš Lietuvos vyko Lietuvos SSR vyskupų pasitarimai?“. Tardomasis neprieštaraudamas atsakė, kad tokie pasitarimai vyko: pirmasis – 1944 metų rugsėjį Ukmergėje, o antrasis – Kaune 1946 metų kovą. Tardytojas pareikalavo „papasakoti“ apie vyskupų pasitarimą Ukmergėje. Vysk. Matulionis pasakė, kad 1944 metų rugsėjį iš Kauno kurijos gavęs kvietimą atvykti į vyskupų pasitarimą Ukmergėje, kuris vykęs parapijos bažnyčios klebono name. Saugumietis pareikalavo pasakyti, kas dalyvavo šiame pasitarime ir kas buvo jo iniciatorius. Matulionis išvardino, kad pasitarime dalyvavo jis pats, Panevėžio vyskupijos vyskupas Paltarokas, Vilniaus arkivyskupijos valdytojas arkivyskupas Reinys ir Kauno kunigų seminarijos rektorius, kurio pavardės nepamenantis (tai buvo J. Gruodis SJ – E.Š.), o šio pasitarimo iniciatoriaus nežinantis. Tardytojas įtariamai ir smerkiančiai perklausė: „Nežinote ar nenorite pasakyti?“ Vysk. Matulionis atsakė, kad nežinantis. Golicynas vėl pateikė saugumui visai nepritinkančius bažnyčios atžvilgiu klausimus: „Kodėl į pasitarimą Ukmergėje buvo pakviesti ne visi vyskupai ir kuo paaiškinti tą aplinkybę, kad pasitarimas vyko Ukmergėje, kuri nėra joks religinis centras?“ Atrodytų, kad, saugumiečio požiūriu, vyskupų judėjimo teisės buvo visai suvaržytos – vyskupai negali net vykti ir rinktis kitoje vietovėje, kuri „nėra religinis centras“. Vysk. Matulionis paaiškino: „Kadangi pasitarime buvo svarstomas Kauno kunigų seminarijos, pavaldžios Kauno, Panevėžio ir Kaišiadorių vyskupijoms, klausimas, todėl į pasitarimą atvyko tuo suinteresuoti vyskupai. Vilniaus vyskupijos atstovas Reinys irgi buvo suinteresuotas Kauno kunigų seminarijos darbu, nes tuo metu Vilniaus kunigų seminarija neveikė dėl patalpų ir dėstytojų trūkumo (tardytojas nesiteiravo, kodėl vysk. Matulionis pasakė neteisingą Vilniaus kunigų seminarijos „neveikimo“ laiką – ji savo darbą nutraukė 1945 metų kovą, negavusi iš sovietų valdžios leidimo – E.Š.). Kodėl pasitarimas vyko Ukmergėje, negaliu pasakyti“. Tardytojas vėl lindo į bažnytinius klausimus. „Kokie klausimai buvo svarstomi vyskupų pasitarime?“ – apie vyskupų pasitarimo klausimus teiravosi saugumietis. Vysk. Matulionis, pasakęs, kad jam nepavyko atvykti į pasitarimo pradžią, aiškino, kad pasitarime buvo svarstomi tokie klausimai: profesorių ir dėstytojų parinkimas Kauno kunigų seminarijai; dėl kapelionų institucijos tautiniuose sovietinės armijos daliniuose įvedimo; dėl tikybos dėstymo mokyklose; dėl žemės sklypų bažnyčioms padidinimo. Saugumietis pareikalavo išdėstyti, kaip buvo svarstomi tie klausimai ir kokie sprendimai buvo priimti. Tardomasis vysk. Matulionis sakė, kad buvo susitarta dėl kandidatų į Kauno seminarijos dėstytojus, o dėl kitų trijų klausimų buvo nuspręsta kreiptis į Lietuvos SSR vyriausybę prašant įsteigti kapelionų instituciją „lietuviškuose“ sovietinės armijos daliniuose („lietuviškieji“ sovietinės armijos daliniai tuo metu buvo 16-oji divizija, sudaryta iš pirmosiomis karo dienomis nuo galimo keršto susidoroti pabėgusių rusų, žydų ar lietuvių – E.Š.), leisti dėstyti tikybą mokyklose ir padidinti žemės sklypus bažnyčioms. „Ne visi klausimai, turėję būti apsvarstyti pasitarime, buvo iki galo išspręsti, nes vietiniai sovietinės valdžios organai neleido mums pabaigti pasitarimo“, – taip pagal surašytą protokolą, kurį, kaip matėme anksčiau, tardytojas galėjo savo nuožiūra keisti, kaip nori, aiškino vysk. Matulionis. Tai išgirdęs, saugumietis pareikalauja paaiškinti, kodėl tą, Matulionio žodžiais tariant, legalų pasitarimą tuomet „nebuvo leista“ pabaigti, – matyt, tas pasitarimas saugumiečių buvo nutrauktas. Tardomasis atsakė manantis, kad vyskupų pasitarimas buvo nutrauktas tik dėl to, kad „mes (pasitarimo dalyviai – E.Š.) nepranešėme sovietų valdžios organams apie jo sukvietimą, nes nemanėme, jog tam reikalingas oficialus leidimas (juk formaliai egzistavo religijos laisvė, o Bažnyčia atskirta nuo valstybės, t.y. jos atstovų susitikimai buvo leistini – E.Š.). Tardytojas pareikalavo pasakyti, ką praktiškai vysk. Matulionis padarė pagal priimtus sprendimus. Tardomasis atsakė, kad buvo visiškai sukomplektuota Kauno kunigų seminarijos dėstytojų sudėtis, o 1944 metų pabaigoje buvo įteiktas prašymas, pasirašytas, kiek pamenantis, visų vyskupų, Lietuvos SSR vyriausybei dėl kapelionų institucijos įsteigimo lietuviškuose sovietinės armijos daliniuose, bet atsakymo negavo. Taip pat 1946 metų vasarį Lietuvos SSR Ministrų Taryboje oficialiai buvo keliamas klausimas dėl tikybos dėstymo mokiniams, o vyskupams „buvo leista dėstyti religiją mokiniams bažnyčiose po pamokų“ (faktiškai tokia „teisė“ buvo įteisinta Stalino diktatūros metais, sovietų valdžia Lietuvoje leido iki pat nepriklausomybės atkūrimo, taip maksimaliai sumažinant tą „teisę“ – E.Š.).Tačiau saugumiečiui atrodė, kad vysk. Matulionis kažką nutyli („ne viską pasako“) apie vyskupų pasitarimą Ukmergėje ir slepia kai kuriuos ten svarstytus klausimus. Tardomasis vysk. Matulionis pasako, kad pamena, jog papasakojo viską, kas jam buvo žinoma apie vyskupų pasitarimą Ukmergėje, o jokie kiti klausimai pasitarime nebuvo svarstyti. Tą kartą tardymas, atrodo, baigiamas niekaip neįrodant kokios nors nusikalstamos vysk. Matulionio veikos. Tačiau taip tik atrodė.
Iš tikrųjų 1947 m. sausio 3 d. po šio tardymo, kurio protokole saugumietis Golicynas jau nurodo savo pareigas, – jis esąs LSSR MGB Tardymo skyriaus 3-iojo poskyrio viršininko pavaduotojas, turintis vyresniojo leitenanto laipsnį, – rašo nutarimą dėl kaltinimo pateikimo, kurį patvirtina LSSR MGB Tardymo skyriaus viršininko pavaduotojas papulkininkis Čelnokovas. Nutarimas skelbia: „Aš, LSSR MGB Tardymo skyriaus 3-iojo poskyrio virš. pav. vyr. leitenantas Golicynas, peržiūrėjęs bylos Nr.7809 tardymo medžiagą ir nustatęs, kad yra pakankami įrodymų, jog Teofilius Matulionis, Jurijaus s., nuo 1933 m. aktyviai dirbo priešišką Sovietų Sąjungai darbą, organizavo reakcingas jėgas palaikyti fašistiniam Smetonos režimui. Vokiečių okupacijos metais, būdamas Kaišiadorių vyskupijos vadovu, davė nurodymus kunigams dėl antisovietinio darbo, tuo tikslu leido specialius cirkuliarus ir kreipimusis, aktyviai talkininkavo vokiečių okupantams. Po vokiečių išvijimo iš Lietuvos vedė aktyvią propagandą dvasininkijos ir tikinčiųjų tarpe, kviesdamas juos į kovą prieš sovietų valdžią. Išnaudodamas savo vyskupo statusą skleidė antisovietinius provokacinius gandus, palaikė ryšius su banditų formuotėmis, slėpė banditus savo rezidencijoje“. Surašęs tokias išgalvotas nusikalstamas vysk. Matulionio veikas, Golicynas nutaria: „Pagal RSFSR BPK 128 ir 129 str. pareikšti Teofiliui Matulioniui, Jurijaus s., kaltinimus pagal BK 58-la ir 58-10 2 d. str., tai paskelbti kaltinamajam, paimant iš jo parašą, kad su šiuo nutarimu susipažino“.
„Supažindinęs“ suimtąjį vysk. Matulionį ir nuo tol padaręs jį jau kaltinamuoju, matyt, priverčia jį pasirašyti po juo. Ir toliau tą pačią dieną, sausio 3-iąją, tęsia vysk. Matulionio, jau kaip kaltinamojo, tardymą. Tačiau šis sausio 3 dienos tardymas, kaip atrodo pagal pateiktus klausimus, vykdomas jau žiauriau, net nenurodant tardymo pradžios ir pabaigos. Galima netgi spėti, kad tą dieną vysk. Matulionio tardymas vyko iki vėlumos, gal ir naktį. Vysk. Matulioniui pateikiamas kaltinimas, kad jis jau nuo 1933 metų „aktyviai“ dirbo priešišką Sovietų Sąjungai darbą (už tą nusikaltimą jis buvo jau baustas – E.Š.), organizavo „reakcingas jėgas“ palaikyti „fašistiniam Smetonos režimui“ (tai reiškia, kad vysk. Matulioniui buvo inkriminuojamas nusikaltimas netgi dar iki įvykdant sovietų okupaciją, net nekalbant apie tai, ar tokio pobūdžio „nusikaltimas“ išvis galėjo būti skelbiamas – E.Š.). Kaltinime toliau buvo inkriminuojami tokie vysk. T. Matulionio „nusikaltimai“: vokiečių okupacijos metais Lietuvos SSR, būdamas Kaišiadorių vyskupijos vadovu, davė nurodymus kunigams dėl antisovietinio darbo, tuo tikslu leido specialius cirkuliarus ir kreipimusis, aktyviai talkininkavo okupantams, t.y. nacių valdžiai, o po vokiečių išvijimo iš Lietuvos, t.y. vėl „atkūrus“ sovietų valdžią, „vedė aktyvią propagandą“ tarp dvasininkijos ir tikinčiųjų, „kviesdamas juos į kovą“ prieš sovietų valdžią. Užbaigdamas kaltinimo formuluotę, MGB vyr. leitenantas Golicynas apibendrino vysk. Matulionio nusikaltimo esmę: „Išnaudodamas savo vyskupo statusą skleidėte antisovietinius provokacinius gandus, palaikėte ryšius su banditų formuotėmis, slėpėte banditus savo rezidencijoje, t. y. dėl nusikaltimų pagal RSFSR BK 58-1 „a“ ir 58-10 2 d. str.“ Išpylęs tokią kaltinimų tiradą, kurios net neįrodė, Golicynas pareikalavo vysk. Matulionio pripažinti save kaltu pagal pateiktus kaltinimus. Vysk. Matulionis tokius kaltinimus paneigė, pateikdamas pagal tardymo protokolą tokius paaiškinimus: „Dėl man pateiktų kaltinimų pagal RSFSR BK 58-1 „a“ ir 58-10 2 d. str. pripažįstu save kaltą tik dėl to, kad, būdamas Kaišiadorių vyskupijos vadovu, 1943 metų antrojoje pusėje ir 1944 metų pradžioje parašiau vieną cirkuliarą kunigams ir du ar tris ganytojiškus laiškus tikintiesiems, kuriuose išdėsčiau savo priešiškas sovietų valdžiai pažiūras. Cirkuliare ir ganytojiškuose laiškuose aš kviečiau kunigus ir tikinčiuosius melstis už tai, kad nepasikartotų 1940 metai, kai Lietuva įėjo į Sovietų Sąjungos sudėtį. Sovietų valdžios įvedimą Lietuvoje aš vertinau kaip bolševikų okupaciją. Detalius parodymus apie cirkuliaro ir ganytojiškų laiškų parašymą aš daviau tardymo 1946 metų gruodžio 27 dieną metu ir šiuos parodymus patvirtinu. Man pavaldūs dvasininkai, bažnyčiose supažindindami tikinčiuosius su mano antisovietinio (reikia manyti, kad vysk. Matulionis to tikrai nesakęs, nes tai būtų kaltės pripažinimas – E.Š.) turinio ganytojiškais laiškais iš esmės dirbo antisovietinį darbą pagal mano nurodymus (to irgi, galima manyti, nebuvo sakęs, tai – tik „prisipažinimas“ nebūtu nusikaltimu tardytojo surašytame protokole – E.Š.), tačiau, rašydamas cirkuliarą ir ganytojiškus laiškus, aš neturėjau tikslo kovoti prieš Sovietų valdžią, nes Sovietų valdžia Lietuvoje tuo metu neegzistavo ir aš nebuvau tikras, kad ji vėl bus atkurta, o jeigu Sovietų valdžia vis dėlto Lietuvoje būtų atkurta, aš norėjau, kad tikintys lietuviai laikytųsi religijos, nepasiduotų bolševikų ir jų sukurtų organizacijų vykdomai antireliginei propagandai (šie žodžiai tikrai atitiko vysk. Matulionio nusistatymą ir maždaug taip jis ir galėjo „pripažinti“ savo „kaltę“ – E.Š.). Po vokiečių išvijimo iš Lietuvos aš daviau nurodymą kunigams, kad jie nesiveltų į politiką ir neleistų naudoti bažnyčios Sovietų valdžios politinių ar ekonominių priemonių įgyvendinimo tikslams. Iš dalies aš nepritariau, kad bažnyčiose būtų skelbiami visokie atsišaukimai, smerkiantys banditizmą Lietuvoje, nes, mano nuomone, tai nebuvo radikali priemonė banditizmui likviduoti, radikalesnė priemonė galėjo būti dvasininkų skelbiamos krikščioniškos tiesos ir moralė (tokias savo nuostatas apie „banditizmą“ ir „nesivėlimą į politiką“, aiškiai prieštaraujančias jo požiūriui į okupacinę valdžią, vysk. Matulionis galėjo sakyti saugumiečio vykdyto tardymo metu – E.Š.). Aš pripažįstu, kad du kartus skaičiau antisovietinę nelegalią spaudą, leidžiamą nacionalistinio pogrindžio Lietuvoje, tai buvo 1945 ar 1946 metais, tačiau kas man davė šią literatūrą, nepamenu. Perskaitęs aš ją sunaikinau ir kitiems skaityti nedaviau. Ryšių su antisovietiniu nacionalistiniu pogrindžiu aš neturėjau, jo niekaip nerėmiau ir pogrindžio dalyvių, neslėpiau savo rezidencijoje. Jeigu Sovietų valdžios organai ir suėmė ką nors iš pogrindžio dalyvių, gyvenusių Kaišiadorių kurijos patalpose, aš su šiais asmenimis jokių ryšių neturėjau. Antisovietiniai susirinkimai mano bute nevyko, antisovietinių provokacinių gandų aš neskleidžiau“. Taigi vysk. Matulionis pasirašo po šiais LSSR MGB Tardymo skyriaus 3-iojo poskyrio virš. pav. vyr. leitenanto Golicyno surašytame tardymo protokole vysk. Matulionio „pripažinimais“, kurie pakartoja jau vykdytų tardymų „prisipažinimus“, nors kaltinimai jam niekaip nebuvo įrodyti – tokie vyskupui inkriminuoti kaltinimai buvo paprasčiausiai kišimasis į Bažnyčios reikalus.
Atlikęs šiuos neteisėtus veiksmus net ir stalininio režimo teisės požiūriu, saugumietis Golicynas vysk. Matulionį paliko „ramybėje“ iki sausio pabaigos. Tačiau tokie tardymų ir po jų sudaromi kaltinimai parodo, kaip buvo susidorojama su Katalikų Bažnyčios hierarchais ir kaip buvo vykdoma „komunistinė“ (bolševikinė) teisė. Tai parodė visa represine jėga sovietų valdžios vykdyta „teisė“ tikinčiųjų atžvilgiu.