Vyskupo Teofiliaus Matulionio byloje yra sudėti ir kai kurių kitų tuo laiku ar anksčiau suimtų ir tardomų žmonių tardymų protokolai. Jais remiantis iš dalies ir buvo pradėta Kaišiadorių vyskupo T. Matulionio byla apie jo „antisovietinę“ veiklą dar vokiečių laikais. Įkalčių sudaryti baudžiamąją bylą vysk. T. Matulioniui buvo ieškoma dar iki jo suėmimo, 1945 metų viduryje.
Svarbiausias „liudininkas“ vysk. T. Matulionio byloje buvo kun. Stanislovas Kiškis, Petro s. Jo tardymas prasidėjo dar iki vysk. T. Matulionio suėmimo. Jau 1946 metų rugsėjo 27 dieną tardant kun. S. Kiškį buvo reikalaujama pasakyti apie 1945 metų balandį Kaišiadorių kurijoje vykusį pokalbį – „pasitarimą“. 1946 m. lapkričio 14 d. tardymo metu (jis tęsėsi nuo 12 val. 30 min. 17 valandos) buvo klausiama apie 1945 metų balandį Kaišiadorių kurijoje vykusį „pasitarimą“. Kun. S. Kiškį tardė LTSR MGB Tardymo skyriaus poskyrio viršininko pavaduotojas vyr. leitenantas Kisminas, žinomas, netgi beveik iki naujausių laikų „darbavęsis“ sovietinis saugumietis. Kun. S. Kiškis aiškiai jam pasakė, kad „jokio pasitarimo Kaišiadorių kurijoje nebuvo, tai buvo paprastas pokalbis“, kuriame dalyvavo vyskupas Matulionis, prelatas Labukas, vikaras Petkevičius ir pats Kiškis. Tardytojas, matyt, sutikęs, kad jokio pasitarimo ten nebuvo, kamantinėjo, kokie klausimai buvo svarstomi to pokalbio metu. Kun. S. Kiškis paaiškino: „Mes kalbėjomės apie katalikiško jaunimo auklėjimą. Šis klausimas iškilo dėl to, kad tuo metu Kaišiadorių gimnazijos moksleiviai buvo verčiami stoti į komjaunimą, be to, Kaišiadorių gimnazijos direktorius Lestas darė tam tikrą spaudimą nenorintiems stoti į tą organizaciją. To pokalbio metu mes susipažinome su bažnytine teise, tikintiesiems katalikams draudžiančia stoti į antireligines organizacijas“. Kun. S. Kiškis dar sakė, kad pokalbio dalyviai susipažino ir su VLKSM (komjaunimo) įstatais ir padarė išvadą, kad komjaunimas nesuderinamas su katalikybe ir kelia grėsmę tikintiesiems. Nors aiškaus nutarimo šiuo klausimu nebuvo priimta, tačiau buvo svarstyta, kaip turėtų laikytis dvasininkija siekdama moksleivius išlaikyti tikinčius. Kunigai Kiškis ir Petkevičius manė, kad reikia bažnyčioje paskelbti bažnytinės teisės normą, draudžiančią tikintiesiems stoti į antireligines organizacijas, o prelatas Labukas manė, kad minėtos teisės skelbti bažnyčioje nereikia. Šį ginčą išsprendė vyskupas Matulionis, pareikšdamas, kad jokio sprendimo šiuo klausimu nebus daroma ir kad kiekvienas dvasininkas turės elgtis taip, kaip jam atrodys protingiau, ir už savo veiksmus prisiims atsakomybę. Taip sakydamas, kun. S. Kiškis norėjo panaikinti bet kokią vysk. T. Matulionio atsakomybę dėl šių kaltinimų, todėl, parodydamas savo principingą nuostatą, dar patvirtino savo atsakomybę: „Po minėto pokalbio aš buvau linkęs bažnyčioje paskelbti nurodytą bažnytinės teisės normą, tai ir padariau 1945 metų balandžio mėnesį. Kaišiadorių bažnyčioje pareiškęs, kad bažnytinė teisė tikintiesiems draudžia stoti į antireligines organizacijas, aš paaiškinau, kad antireliginės organizacijos šiuo metu yra VLKSM ir pionieriai. Be to, savo kreipimesi nurodžiau, kad tėvai turi rūpintis savo vaikų tikėjimu, dėl to jie atsakingi Dievui“. Saugumietis neatlyžo, reikalaudamas pasakyti, kokie dar klausimai buvo svarstomi pokalbio pas vyskupą Matulionį metu. Tardomas kun. S. Kiškis sakė, kad kiek prisimena, kiti klausimai nebuvo svarstomi. Tačiau saugumietis vis vien neatlyžo: „Ar savo kreipimesi nieko nekalbėjote apie mokytojus?“ Tardomasis kun. S. Kiškis atsakė: „Savo kalboje Kaišiadorių bažnyčioje pasakiau, kad tikintys mokytojai, auklėjantys vaikus, privalo saugoti jų tikėjimą“. Tada saugumietis metė kaltinimą: „Savo kalboje Kaišiadorių bažnyčioje pareiškėte, kad, jeigu vaikai įstos į komjaunimą ar pionierius, dėl to bus kalti tėvai ir mokytojai, kurie kuria šias organizacijas“. Tačiau tardomasis paneigė tokį kaltinimą: „Ne, taip aš nekalbėjau, o tik priminiau tėvų ir mokytojų pareigą rūpintis, kad vaikai liktų tikintys“. Neišgavęs iš Kiškio prisipažinimo dėl poveikio mokiniams ir tėvams darymo, saugumietis ėjo kitu keliu – jis pasitelkė, matyt, prievarta iš komsorgo Vinco Aksomaičio išgautą liudijimą. Kun. S. Kiškis sakė, kad jo nepažįstąs, tik žino, kad tai yra Kaišiadorių gimnazijos komsorgas. Tardytojas paskaitė ištrauką iš „liudininko“ Aksomaičio parodymų – esą šis pasakė, jog Kiškis savo kalboje Kaišiadorių bažnyčioje 1945 metų balandį sakė: jeigu vaikai įstos į komjaunimą ar pionierius, dėl to bus kalti tėvai ir mokytojai, kurie kuria šias organizacijas, ir jie bus išbraukti iš bažnyčios sąrašų. Tačiau Kiškis paneigė tokius liudijimus: „Aksomaičio parodymų aš nepatvirtinu. Jis pasakė netiksliai, aš savo kalboje Kaišiadorių bažnyčioje, paaiškinęs bažnytinius įstatymus, pasakiau, kad antireliginės organizacijos yra pionieriai ir komjaunimas, tačiau dėl tėvų ir mokytojų, kad jie bus išbraukti iš bažnyčios sąrašų, aš nekalbėjau“. Saugumietis bandė surasti kitus „liudijimus“, klausdamas: „Ar pas jus kada nors buvo atėjusi Aldona Uzaitė?“ Tardomasis Kiškis paaiškino: „1945 metų pavasarį Aldona Uzaitė su seserimi buvo atėjusi pas mane ir pareiškė, kad ji įstojo į VLKSM. Aš jai papriekaištavau, kad negalima būti tikinčia ir VLKSM nare, o reikia pasirinkti ką nors viena“. Sekė kaltinimas: „Ar jūs įkalbinėjote Uzaitę išstoti iš komjaunimo?“ Tačiau Kiškis ramiai paaiškino: „Aš priekaištavau Uzaitei, kad įstodama į komjaunimą ji atsižadėjo religijos, tačiau ji su manim nesutiko. Išstoti iš komjaunimo aš jos neįkalbinėjau“. Tardytojas toliau žėrė „nusikaltimo įrodymus“: „Liudininkas Aksomaitis teigia, kad jūs įkalbinėjote Uzaitę išstoti iš komjaunimo. Ar patvirtinate Aksomaičio parodymus?“ Net ir priremtas melagingų kaltinimų kun. S. Kiškis nepasidavė: „Ne, nepatvirtinu“.
Į bylą įdėtas ir 1947 m. vasario 8 d. kun. S. Kiškio tardymo protokolas. Tardymas buvo labai varginantis ir kankinantis – jis tęsėsi net daugiau nei pusę paros: pradėtas 13 val. 30 min. baigtas tik naktį 2 val. 20 min. Saugumietis Kisminas pradėjo kamantinėti suimtąjį kun. S. Kiškį apie jo užimamas kanclerio pareigas Kaišiadorių kurijoje. Tardomasis paaiškino: „Būdamas Kaišiadorių kurijos kancleris aš dirbau kurijos kanceliarijoje, t. y. Kaišiadorių vyskupo nurodymu rengiau tarnybinio susirašinėjimo juodraščius, kuriuos vėliau peržiūrėdavo ir taisydavo Kaišiadorių vyskupijos vyskupas. Kai kuriuos dokumentus, siunčiamus iš Kaišiadorių kurijos, aš pats asmeniškai spausdindavau mašinėle ir išsiuntinėdavau vyskupijos klebonams“. Tačiau saugumiečiui rūpėjo „išsiaiškinti“, ar kancleris yra siuntęs parapijų klebonams „antisovietinio turinio“ dokumentus. Į tokį kvailą klausimą (kartu ir kaltinimą) kun. S. Kiškis atsakė, kad niekada „antisovietinių“ dokumentų iš Kaišiadorių kurijos nesiuntęs. Saugumietis iškart puolė su kaltinimais kun. S. Kiškiui: „Jūs sakote netiesą. Mes turime duomenų, kad siuntėte antisovietinio turinio dokumentus“. Tada kun. S. Kiškis bent pagal tardymo protokolą, bet, matyt, paveiktas arba fiziškai, arba psichologiškai, „prisipažįsta“ „kenkęs“ sovietų valdžiai dar tada, kai jos nebuvo Lietuvoje, t.y. vokiečių okupacijos metais: „Turiu prisipažinti, kad vokiečių laikinos okupacijos Lietuvos SSR metais man, kaip Kaišiadorių kurijos kancleriui, teko išsiuntinėti ganytojiškus laiškus, parašytus Kaišiadorių vyskupijos vyskupų Kuktos arba Matulionio, taip pat iš Kauno vyskupijos gautus arkivyskupo Skvirecko laiškus“. Kun. S. Kiškis net nustatė, aišku, ne be saugumiečio Kismino „pagalbos“, kad „arkivyskupo Skvirecko, taip pat vyskupų Kuktos ir Matulionio ganytojiški laiškai buvo antisovietinio turinio, juose buvo šmeižiama sovietų valdžia ir komunistų partija“. Pradžiugintas tokio „prisipažinimo“ ir „antisovietinio“ ganytojiškų laiškų įvertinimo, tardytojas pateikia kun. S. Kiškiui laišką, pasirašytą arkivyskupo Skvirecko, klausdamas, ar šį „antisovietinį“ laišką jis irgi išsiuntinėjęs Kaišiadorių vyskupijos parapijų klebonams. Kun. S. Kiškis pripažino, kad tą laišką pats asmeniškai „padauginęs“ spausdinimo mašinėle, kad galima būtų išsiuntinėti klebonams, tačiau nepatvirtina, kad laiškas buvo išsiuntinėtas visiems klebonams. Tardytojas eina toliau: iš kun. S. Kiškio reikalauja pasakyti, kad tardymo metu jam pateiktas Lietuvos vyskupų pasirašytas „antisovietinio turinio laiškas“ buvo jo irgi „padaugintas“. Tardomasis vėlgi patvirtina, kad laišką perrašęs („padauginęs“) spausdinimo mašinėle ir išsiuntinėjęs visiems Kaišiadorių vyskupijos parapijų klebonams, kad jie jį perskaitytų tikintiesiems bažnyčiose. Tardomasis priverčiamas patvirtinti, kad tai jis padaręs (t.y. „padauginęs“ ir išsiuntinėjęs) ir su vyskupo Matulionio 1943 metų gegužės 12 ir rugsėjo 16 dienomis bei vyskupo Kuktos 1942 metų kovo 2 dieną pasirašytais „antisovietinio turinio laiškais“. O tam, kad galutinai būtų įrodyta vyskupų Kuktos ir Matulionio „kaltė“, saugumietis protokole užrašo, jog kun. S. Kiškis patvirtino, kad tardytojo kabinete jam parodytus laiškus tikrai parašė vyskupai Kukta ir Matulionis, o jis tuos laiškus spausdinęs mašinėle ir išsiuntinėjęs klebonams.
Baudžiamąsias bylas Lietuvos patriotams surezgęs saugumietis pareikalauja iš suimtojo kun. S. Kiškio paaiškinti, kaip jis prisidėjo prie duomenų apie diskredituojančius sovietų valdžios organų veiksmus 1940-1941 metais rinkimo (apie trėmimus, teismus ir šaudymus). Tardomasis aiškino, kad duomenis apie sovietų valdžios veiksmus rinkti nurodė vyskupas Kukta, tad klausimų forma buvo išsiuntinėti prašymai visiems Kaišiadorių vyskupijos klebonams, ir jie atsiuntė savo atsakymus. Taip vyskupo Kuktos nurodymu kancleris parengė apžvalgą, apibendrinęs gautus atsakymus, ir išspausdino mašinėle kelis egzempliorius. Matyt, sekė saugumiečio reikalavimas pasakyti, kiek egzempliorių jis spausdinęs, nes protokole užrašyta, kad tardomasis kiekio neprisimenąs. Galima spėti, kad kun. S. Kiškis šiuo atveju minėjo tik vysk. J. Kuktą, nes šis buvo jau miręs, ir saugumietis negalėjo jam sudaryti bylos. Saugumietis toliau „gilinosi“ į „antisovietinius“ kun. S. Kiškio nusikaltimus: „Koks buvo jūsų parengtos apžvalgos turinys?“ Tardomasis paaiškino, kad jo parengtoje apžvalgoje apie sovietų valdžios organų „veiksmus“ 1940-1941 metais buvo pateikti bažnyčių sugriovimo, kunigų nužudymų ir kiti faktai. Kisminas dar kamantinėjo, kur šiuo metu yra apžvalga, tačiau tardomasis atsakė, kad nežino, ar ji išliko Kaišiadorių kurijoje, nes 1944 metais, vokiečiams traukiantis iš Lietuvos, kurijos darbuotojai, peržiūrėdami Kaišiadorių kurijos archyvą, dalį nereikalingų dokumentų sunaikino.
Vysk. T. Matulionio byloje yra dar vienas suimtojo kun. S. Kiškio tardymo protokolas. 1947 m. vasario 17 d. tardymas vykęs dienos metu – pradėtas 14 val. 30 min., baigtas 17 val. Saugumietis vėl kamantinėjo suimtąjį kunigą apie jo parengto „rinkinio“ (apžvalgos) turinį. Tardomasis paaiškinęs tą patį: rinkinys buvo parengtas pagal klebonų pateiktus duomenis. Protokole užrašytas tardomojo duotas apibūdinimas: rinkinys savo turiniu buvo antisovietinis. Matyt, pripažinimą apie tai, kad buvo pateikti duomenys apie bažnyčių naikinimą, kunigų ir tikinčiųjų žudymus bei trėmimus, saugumietis (o vėliau ir „LSSR teismas“) pateikė kaip pripažinimą, kad pats rinkinys apie tuos nusikalstamus genocido veiksmus jau savaime reiškė jų „antisovietiškumą“. Bet tai buvo teisinis nonsensas. Tardomasis turėjo dar kartą aiškinti, kad nurodymą parašyti rinkinį pagal gautus duomenis davė vyskupas Kukta, o jo „nurodymu“ rinkinys buvo išsiųstas į Kauno kuriją generaliniam vikarui Šauliui ar Kauno seminarijos profesoriui Penkauskui. Matyt, po ilgo spaudimo saugumietis iš kun. S. Kiškio išgavo prisipažinimą, kad vienas „antisovietinio“ rinkinio egzempliorius yra likęs Kaišiadorių kurijoje, galbūt Kaišiadorių katedroje, virš kunigų persirengimo kambario. Saugumietis aiškinosi, kas dar gali būti paslėpta toje vietoje. Tardomasis aiškino, kad toje patalpoje saugomi įvairūs Kaišiadorių kurijos dokumentai, be to, vyskupo Matulionio nurodymu ten paslėpęs aplanką su ypatingais įgaliojimais tuo atveju, kai neįmanoma susisiekti su Popiežiumi (reikia suprasti, kai okupacinė valdžia izoliuos Lietuvos Bažnyčią nuo Šventojo Sosto). Tardytojas iškvotė ir daugiau neskelbtinų dalykų. Į Lietuvą besiartinant sovietinei armijai, dalis Kaišiadorių kurijos dokumentų buvo nusiųsta į Čiobiškio parapiją, tuo rūpinosi prelatas Labukas ir vyskupas Matulionis. Artėjant okupantams, 1944 metų rudenį vysk. Matulionis surengė pasitarimą su Kaišiadorių vyskupijos dekanais ir informavo apie 1944 metų rugsėjį Ukmergėje vykusią vyskupų konferenciją ir davė nurodymą mokyti religijos bažnyčiose, nes sovietų valdžia uždraudė tikybos dėstymą mokyklose, buvo svarstomi ekonominiai klausimai, pranešta, kad kunigų seminarija veiks toliau, kad kunigai atleidžiami nuo karinės prievolės. Saugumiečiui knietėjo iškvosti plačiau, ką pasitarime su dekanais vyskupas Matulionis informavo apie vyskupų konferenciją. Paaiškėjo, kad 1944 metų rugpjūtį vysk. T. Matulionis kun. S. Kiškiui buvo įteikęs laišką, prašydamas nuvežti jį Panevėžio vyskupui K. Paltarokui, su juo suderinti vyskupų konferencijos laiką ir vietą, o esant reikalui nuvykti į Kauną ir ten informuoti apie vyskupų konferenciją Kauno vyskupijos arkivyskupo pavaduotoją prelatą Stanislovą Jokūbauskį. (Tardymo protokole klaidingai rašoma jo pavardė – Jakubauskas.) Vysk. K. Paltarokas pasiūlė vyskupų konferenciją surengti Ukmergėje 1944 metų rugsėjo pradžioje, t.y. sovietams jau užgrobus Lietuvą. Jis taip pat davė kun. S. Kiškiui nurodymą užsukti į Ukmergę ir liepti vietos klebonui Dagiliui pasiruošti priimti vyskupus. Iš Ukmergės nuvykęs į Kauną kun. S. Kiškis informavęs prelatą Jokūbauskį apie numatomą vyskupų pasitarimą, taip pat apie konferencijos datą ir vietą. Pats kun. S. Kiškis toje konferencijoje nedalyvavęs. Tardomas kunigas pasakė, kad iš pokalbio su vyskupu Matulioniu sužinojęs, jog vyskupų konferencijoje buvo kalbama apie kunigų seminarijos organizavimo ir profesorių jai paskyrimo, kunigų seminarijos išlaikymo, taip pat religijos dėstymo klausimus. Buvo priimtas nutarimas pradėti mokslą seminarijoje, jaunimą mokyti religijos bažnyčiose, kreiptis į vyriausybę su prašymu įvesti armijoje kapelionų instituciją. Konferencijoje Ukmergėje dalyvavo Kaišiadorių vyskupijos vyskupas Matulionis, Panevėžio vyskupijos vyskupas Paltarokas ir Vilniaus vyskupijos vyskupas Reinys, o iš Kauno dalyvavo profesorius Gruodis.
Pateiktas išrašas iš kun. Stanislovo Kiškio 1947 m. vasario 21 d. tardymo protokolo. Saugumietis Kisminas aiškinosi, kada buvo išleistas nelegalus laikraštis „Laisvės varpas“. Matyt, kun. Kiškis jau anksčiau buvo klausinėjamas apie nelegalų laikraštį „Laisvės varpas“. Dabar paklaustas, tardomasis pripažino, kad „Laisvės varpas“ buvo „mūsų išleistas“ 1944 metų lapkričio pradžioje. Saugumiečiui rūpėjo ištardyti, kam buvo duota skaityti nelegalų laikraštį. Tardomasis pasakė, kad skaityti davęs 1944 metų rudenį pas jį nakvojusiems Kaišiadorių vyskupijos dvasininkams Lisauskui ir Vaičiuliui, atvykusiems į dekanų konferenciją, šis pas jį ir vakarieniavo. Tačiau šiems dvasininkams nepasakęs, kad jis pats prisidėjęs leidžiant šį laikraštį. Taigi po daugelio metų iš sovietinio saugumo bylų dokumentų paaiškėjo, kad vieno iš pirmųjų pogrindžio leidinių – „Laisvės varpo“ – leidėjas buvo drąsusis kun. S. Kiškis, vienas artimiausių Palaimintojo arkivyskupo Teofiliaus Matulionio bendražygių. Galbūt ir Palaimintasis prisidėjęs prie šio leidinio, nes kunigas Kiškis tardytojui patvirtinęs, jog nelegalų laikraštį „Laisvės varpas“ jis davęs skaityti ir vyskupui Matulioniui, kuris, anot tardymo protokole užrašytų žodžių, pritaręs laikraščio turiniui.